La lune sur le château en ruines

Alors que le Premier ministre Tate tente désespérément de joindre Aramaki après l'explosion de la voiture du chef, Purin travaille depuis le siège de Suzuka et perce le réseau du Pentagone de l'Empire américain, découvrant un plan mortel. Cinq bombardiers furtifs font route en transportant du Smart Gas, une toxine qui recouvrirait Tokyo et tuerait environ sept millions de personnes en près de trois heures. Elle transmet les renseignements à Tate pour qu'il tente de l'arrêter.

Les efforts pour sauver la ville s'effondrent de l'intérieur tandis que l'influence de Takashi transforme l'équipe en ce qu'on appelle les N. Boma est décapité par Takashi, et Purin réveillée, incapable de lui résister, accepte de servir sa vision. Acculé par le procureur général Kusunoki sous des accusations de trahison, Tate n'est innocenté que lorsque Aramaki sort d'un Tachikoma avec la preuve que les Américains ont orchestré l'ensemble de la crise des post-humains, ce qui lui donne la liberté d'appeler le président américain.

Les pertes s'accumulent rapidement. Ishikawa, découvrant qu'il est lui aussi devenu un N, dégoupille deux grenades pour s'emporter lui-même et Purin ; Saito est converti puis abattu par un tireur d'élite portant son propre visage ; et Batou, refusant d'accepter sa conversion, est tué par Purin après qu'elle l'a confronté lui et le Major. À bord d'un sous-marin, Togusa détruit le corps androïde de Suzuka et désactive ses missiles nucléaires.

Le Major poursuit Takashi avec un Tachikoma et le presse de questions sur la façon dont il a réussi à pirater les ghosts de tant de personnes. L'appel de Togusa la distrayant, elle tire par réflexe et tue le garçon. Sa mort incite ceux qui sont devenus des N à appuyer sur les déclencheurs de lancement intégrés dans leurs mains, ce qui réveille l'androïde Suzuka qui tire ses missiles avec sa dernière réserve d'énergie.

Mourant aux côtés de Takashi alors que le Smart Gas se répand sur la ville, le Major conclut que sa véritable intention a toujours été la destruction du monde. Le vingt-troisième épisode de Ghost in the Shell : SAC_2045 fait suite à The Battle Begins et précède Event Boundary.