चौथा शिनोबी विश्व युद्ध: आमना-सामना

खंड 55 से 59 में अध्याय 516 से 559 को कवर करते हुए, यह चरण Naruto: Shippuden के एपिसोड 261 से आगे तक के एक लंबे क्रम में रूपांतरित है, जिसके बीच कई स्वतंत्र कथाएँ बुनी गई हैं। इसका केंद्र Fourth Shinobi World War के आरंभ होने पर Kabuto Yakushi की पुनर्जीवित सेना के विरुद्ध युद्धक्षेत्र का संघर्ष है। यह कथा Countdown से प्रवेश करती है और Climax को सौंप दी जाती है, यह दर्शाते हुए कि पाँच मित्र राष्ट्र एक ऐसे शत्रु का सामना कैसे करते हैं जिसे केवल मारकर समाप्त नहीं किया जा सकता।

प्रारंभिक झड़प में Surprise Attack Division को पुनर्जीवित Sasori द्वारा कठपुतली बनाए गए साथियों और Deidara के विस्फोटकों से भरे शत्रुओं से लड़ना पड़ता है, जब तक कि Kankuro की टीम यह नहीं सीख लेती कि पुनर्जीवित आत्मा को मुक्त करने से उसका बंधन टूट जाता है। दूसरे मोर्चे पर पिछले Seven Ninja Swordsmen, Zabuza और Haku के साथ लौटते हैं, और Kakashi का Third Division उन्हें फँसाने और सील करने के तरीके खोजता है, भले ही उन्हें विवश होकर अंधाधुंध हत्या करनी पड़ रही हो। तट पर Darui, विश्वासघाती Gold और Silver Brothers तथा उनके Sage अवशेषों को चतुराई से मात देता है और उन्हें एक-एक कर सील कर देता है, जबकि Team Asuma अपने ही पुनर्जीवित गुरु को रोकने के लिए खुद को तैयार करती है और Mifune अंततः Hanzo के साथ अपनी पुरानी प्रतिद्वंद्विता का निपटारा करता है।

Island Turtle पर वापस Naruto युद्ध में मुक्त हुई लोमड़ी के चक्र को महसूस करता है और Iruka द्वारा सत्य स्वीकार करने के बाद अपने रक्षकों को पार कर आगे बढ़ता है, Killer B उसकी रक्षा के लिए उसके पीछे आता है। Raikage और Tsunade दोनों मेजबानों को मोर्चे पर जाने से रोकने का प्रयास करते हैं, किंतु B अपने भाई पर हावी हो जाता है और Naruto यह सिद्ध करता है कि वह Raikage के सबसे तेज प्रहार से बच सकता है, जिससे उसे आगे जाने की अनुमति मिल जाती है। White Zetsu के घुसपैठिए प्रतिरूपों को उजागर करने के लिए छाया क्लोन बिखेरते हुए Naruto और B का सामना Nagato और नियंत्रित Itachi से होता है। एक छिपा हुआ कौआ Kotoamatsukami को सक्रिय कर Itachi को मुक्त करता है, जो Nagato पर Amaterasu चलाता है और दोनों मेजबानों की सहायता से उसे Totsuka ब्लेड से सील कर देता है, फिर पुनर्जन्म को उसके स्रोत पर समाप्त करने के लिए निकल पड़ता है।

Land of Lightning के गहरे भीतर Second Tsuchikage Mu, Fourth Division को अभिभूत करने के लिए तीन और दिवंगत नेताओं को आहूत करता है। Gaara का सामना अपने ही पिता से होता है और अपनी माँ के प्रेम के सत्य को जानने के बाद वह उसे सील कर देता है और फिर अपना ध्यान अन्यत्र लगाता है। Naruto, Mu को एक ग्रहीय प्रहार से गिराने में सहायता करता है, और यह अध्ययन करके कि Eight-Tails ने कभी Third Raikage को कैसे घायल किया था, वह उस दृढ़ शत्रु को स्वयं को ही भेदने के लिए उकसाता है। Gaara अकेले Second Mizukage के विस्फोटक क्लोन को उसके शरीर पर स्वर्ण धूल मिलाकर मात देता है, जिससे पुनर्जीवित Kage को सील करने का कार्य पूरा होता है।

Mountains' Graveyard में Sasuke शल्य चिकित्सा से उबरता है और अपने White Zetsu पहरेदार को जला देता है, जिससे नव-जागृत Eternal Mangekyo Sharingan प्रकट होता है। युद्धक्षेत्र में आधा सील हुआ Mu अपनी अंतिम शक्ति लगाता है और Kabuto के परम हथियार को आहूत करता है, एक ताबूत जिसका ढक्कन अत्यधिक दबाव में फट जाता है और वास्तविक, जीवित युग के Madara Uchiha को प्रकट करता है, जो युद्ध के सबसे घातक चरण के लिए मंच तैयार करता है।