Kaguya Ōtsutsuki का आक्रमण

मंगा के अंतिम भाग से ली गई यह कहानी अध्याय 678 से 699 तक फैली है, जो खंड 70 से 72 में आते हैं, और एनीमे में इसे दो भागों में बाँटा गया है जिनके शीर्षक Ninshū की उत्पत्ति और Naruto और Sasuke का अध्याय हैं। यह सभी चक्र के स्रोत, राजकुमारी Kaguya Ōtsutsuki का परिचय देती है और उसकी अचानक वापसी तथा संसार पर अधिकार करने के प्रयास को दर्शाती है। कहानी Ten-Tails के Jinchūriki के जन्म के बाद आगे बढ़ती है और The Last, उपसंहार तथा बाद की पार्श्व कथाओं की ओर ले जाती है।

Infinite Tsukuyomi के सक्रिय होने के कुछ ही क्षण बाद, Black Zetsu Madara के विरुद्ध हो जाता है, उसे छुरा घोंपता है और उजागर करता है कि वह सदा से Kaguya की इच्छा को धारण किए हुए था। Madara को माध्यम बनाकर वह खरगोश देवी को वर्तमान युग में पुनर्जीवित करता है। Kaguya Team Kakashi और Obito को बदलते आयामों की श्रृंखला में बिखेर देती है, लावा के बंजर से लेकर बर्फीली चोटियों और रेगिस्तानी शून्य तक, और केवल Naruto की नई उड़ान क्षमता तथा Sasuke की तात्क्षणिक स्थानांतरण विद्या ही उन्हें जीवित रखती है। Sasuke को एक एकांत आयाम में फेंक दिया जाता है, जिससे Obito और Sakura को बचाव अभियान चलाना पड़ता है जबकि Naruto क्लोनों की लहरों से देवी को रोके रखता है।

यह युद्ध भारी कीमत लेता है। Obito दूसरों को घातक प्रहार से बचाते हुए प्राण देता है, पर उससे पहले Kakashi के दोनों Mangekyō Sharingan को पुनर्स्थापित कर देता है ताकि उसका पुराना साथी लड़ना जारी रख सके। Hagoromo के मार्गदर्शन में पुनः एकजुट टीम के साथ, Naruto और Sasuke Kaguya पर अपने सूर्य और चंद्रमा के चिह्न लगाते हैं और Six Paths Chibaku Tensei को पूरा कर उसे सील कर देते हैं तथा पूँछ वाले पशुओं को मुक्त कराते हैं। Hagoromo और एकत्रित Kage फिर सभी को वापस बुलाते हैं, पर Sasuke एक अंधकारमय योजना उजागर करता है, पाँचों Kage को मारकर शिनोबी व्यवस्था को नए सिरे से बनाना, जिसमें वह स्वयं साझा शत्रु बने।

Naruto और Sasuke अपनी शत्रुता को Valley of the End तक ले जाते हैं, विशाल जुत्सु का आदान प्रदान करते हैं जब तक दोनों धराशायी नहीं हो जाते, Rasengan और Chidori के अंतिम टकराव में प्रत्येक अपनी एक बाँह खो देता है। साथ साथ जागने पर, Sasuke अंततः Naruto को मित्र और विजेता के रूप में स्वीकार करता है, और दोनों मिलकर Infinite Tsukuyomi को समाप्त करते हैं, संसार को मुक्त करते हैं और मुक्त हुए Tobi को समाप्त करते हैं। Konoha में अंत्येष्टियाँ होती हैं, जिनमें Neji का स्मारक भी शामिल है, और Sasuke को बंदी बनाया जाता है, फिर Naruto की अपीलों पर उसे क्षमा मिलती है। Kakashi Tsunade के बाद छठे Hokage के रूप में पदभार संभालता है, Tsunade दोनों प्रतिद्वंद्वियों के लिए कृत्रिम बाँहें बनाती है, और Sasuke प्रायश्चित की खोज में निकल पड़ता है, वह माथा रक्षक वापस लेता है जो Naruto उसे लौटाता है।