Three-Tails का प्रकट होना

Naruto: Shippūden एनीमे तक सीमित यह आर्क एपिसोड 89 से 112 तक फैला है और श्रृंखला में सबसे लंबा केवल एनीमे वाला खंड है। यह Three-Tails को पकड़ने के लिए Akatsuki, Konoha और Team Guren के प्रतिस्पर्धी प्रयासों का अनुसरण करता है। यह Akatsuki Suppression Mission के बाद आता है और Itachi Pursuit Mission की ओर ले जाता है।

Orochimaru के आदेश पर Kabuto और Team Guren एक छोटे लड़के Yūkimaru को एक झील पर लाते हैं और उसे अपना chakra बाहर निकालने के लिए मजबूर करते हैं, जिससे Three-Tails सतह पर आ जाता है। Guren प्राणी को पूरी तरह सामने खींचने में मदद करती है, लेकिन उसे वश में करने का उनका प्रयास विफल हो जाता है जब वह पशु एक विशाल लहर से हमलावरों को बहा देता है। ठिकाने का पता लगाकर Tsunade Team 8 का नेतृत्व करने के लिए Kakashi को भेजती है, फिर Yamato, Sai, Sakura और Naruto के साथ स्वयं पहुँचती है। Konoha की सेनाएँ समझ जाती हैं कि लक्ष्य स्वयं पूँछ वाला पशु है और एक बड़ा शिकार दल इकट्ठा करती हैं।

एकत्रित निंजा तीन समूहों में बँट जाते हैं: एक प्राणी को एक अलग आयाम में सील करने के लिए, एक रक्षा के लिए और एक लड़ने के लिए। सील लगभग टिक जाती है, जब तक कि Guren के हस्तक्षेप से Three-Tails सभी पर हमला करने के लिए उकस नहीं जाता। Yūkimaru कुछ देर के लिए उसे शांत करता है, लेकिन उसकी शक्ति चुकते ही पशु उसी पर पलट पड़ता है, Guren और Naruto उसे बचाते हैं और निगल लिए जाते हैं, केवल साथियों की मदद से बाहर निकल पाते हैं। इसके बाद सील करने का दूसरा प्रयास होता है।

जैसे ही दूसरा प्रयास पूरा होने वाला होता है, शोकग्रस्त Yūkimaru, Guren को मृत मानकर, पशु को मुक्त होने की शक्ति दे देता है। वह उत्पात मचाता है, Guren के कई अधीनस्थों को कुचल देता है, फिर भी उसके वार लड़के को कभी हानि नहीं पहुँचाते। केवल हवा और तेल पर आधारित ज्वाला तकनीक अंततः उसे खदेड़ पाती है। शेष Konoha शिनोबी सील करने का कार्य Anbu को सौंपकर घर लौट जाते हैं, इस बात से अनजान कि Akatsuki के Deidara और Tobi जल्द ही उन Anbu को समाप्त कर देंगे।

मंगा में पशु का पकड़ा जाना कहीं पहले, Akatsuki Suppression Mission के आरंभ में होता है, हालाँकि घटनाक्रम काफी हद तक वैसा ही रहता है: Tobi Three-Tails को लुभाता है जबकि Deidara उसे गिराने के लिए विस्फोटक मिट्टी की मछली बनाता है, जिसके बाद उसे समूह की मूर्ति में सील कर दिया जाता है। यह आर्क एक स्थायी छाप भी छोड़ता है, क्योंकि Isobu बाद में चौथे शिनोबी विश्व युद्ध के दौरान Naruto से पुनः मिलने पर इस मुठभेड़ को याद करता है।