Misi Pengejaran Itachi

Dikenal di anime sebagai Master's Prophecy and Vengeance, alur cerita ini berjalan melalui bab 343 hingga 367 di volume 38 hingga 40, diadaptasi menjadi episode 113 hingga 118 dan 121 hingga 126 dari Naruto: Shippuden. Manga berlanjut dari Akatsuki Suppression Mission, anime dari Three-Tails' Appearance, dan keduanya berlanjut ke Tale of Jiraiya the Gallant. Benang gandanya mengikuti Sasuke Uchiha dan Naruto Uzumaki saat masing-masing, karena alasan berbeda, berangkat untuk menemukan Itachi Uchiha.

Menyatakan bahwa ia tidak memiliki apa pun lagi untuk dipelajari, Sasuke berbalik melawan Orochimaru yang sedang sakit, memaksanya meninggalkan tubuhnya yang melemah dan mengungkapkan wujud aslinya yang menyerupai ular. Ketika pemuda yang melemah karena racun itu ditelan bulat-bulat untuk transfer tubuh paksa, Sasuke justru merebut dimensi tersebut dengan matanya sendiri dan membalikkan teknik itu kepada penggunanya, membuat Orochimaru hancur. Ia kemudian membebaskan Suigetsu, merekrut sensor Karin, dan menundukkan Jugo yang temperamental, membentuk tim yang ia beri nama Hebi dengan satu tujuan yang dinyatakan: untuk membunuh kakaknya.

Di Konoha, kabar kematian Orochimaru meyakinkan Naruto dan Sakura bahwa Sasuke kini akan memburu Itachi, sehingga Tim Kakashi dan Tim 8 bertekad untuk menangkap Uchiha yang lebih tua dan mengikutinya menuju teman mereka. Kabuto mencegat kelompok Naruto untuk menyerahkan berkas tentang Akatsuki, berterima kasih kepada bocah itu karena telah membantunya menemukan jalannya sendiri dan mengungkapkan bahwa ia telah menyatukan sebagian sisa tubuh Orochimaru ke dalam tubuhnya. Saat kedua belah pihak menyebar untuk mengumpulkan informasi, kedua perburuan mulai mendekati target yang sama.

Deidara dan Tobi menyergap Sasuke, dan duel bahan peledak yang berkepanjangan pun terjadi di mana Deidara mengenang saat dipaksa bergabung dengan Akatsuki setelah kalah oleh Sharingan Itachi. Terdorong hingga batasnya, Deidara mengubah dirinya menjadi bom hidup, tetapi Sasuke lolos dengan memanggil Manda sebagai perisai dan berteleportasi menjauh dengan mengorbankan ular tersebut. Di tempat lain Itachi mengirim dua klon, satu menjerat Naruto dalam percakapan genjutsu singkat tentang ikatannya dengan Sasuke, yang lain menguji Sasuke sebelum mengarahkannya ke tempat persembunyian Uchiha terdekat.

Kedua tim mendesak menuju titik pertemuan itu. Kelompok Naruto tertahan oleh Tobi, sementara Kisame turun tangan untuk menahan sisa anggota Hebi, membuat Suigetsu harus melawannya demi Samehada. Dengan rekan-rekannya tertahan, Sasuke berjalan maju sendirian dan menguatkan diri untuk konfrontasi dengan Itachi yang telah menjadi tujuan seluruh perburuan tersebut.