Arc Kehancuran Konoha

Berlatar di Bagian I, arc ini menggambarkan upaya Orochimaru untuk meratakan Konohagakure. Arc ini berlangsung melalui volume 13 hingga 16, bab 116 hingga 138, dan episode 68 hingga 80 dari anime Naruto orisinal. Arc ini mengikuti Ujian Chūnin dan mendahului Pencarian Tsunade. Dua pertarungan mendominasi alur cerita: Hokage Ketiga melawan Orochimaru di atas arena, dan Naruto melawan Gaara di hutan sekitarnya.

Saat pasukan Suna dan Oto membanjiri desa di belakang ular-ular raksasa, Orochimaru, yang menyamar sebagai Kazekage Keempat, menyandera Hokage Ketiga dan menjebak mereka berdua di dalam penghalang. Melepaskan penyamarannya, Orochimaru membangkitkan kembali Hokage Pertama dan Kedua untuk melawan penerus lama mereka. Menyadari serangan konvensional tidak berguna melawan orang mati yang dibangkitkan, Hiruzen menggunakan Segel Dewa Kematian, mencabut jiwa para pendahulunya dan kemudian mencengkeram Orochimaru. Meskipun ia tidak dapat sepenuhnya menarik keluar jiwa muridnya, ia menyegel lengan Orochimaru, merampas jutsu darinya selamanya, dan meninggal dengan senyuman saat invasi runtuh.

Di hutan, Sasuke mengejar Gaara, Kankurō, dan Temari, dengan Shikamaru, Naruto, Sakura, dan Pakkun mengikuti di belakang. Shikamaru menahan satu regu ninja Oto sampai Asuma tiba, sementara Shino mencegat Kankurō. Transformasi mengerikan Gaara melumpuhkan Sasuke yang kelelahan, dan Naruto turun tangan, menggunakan Gamakichi dan pasukan klon bayangan yang terus bertambah untuk melemahkannya. Ketika Gaara menjadi Shukaku sepenuhnya, Naruto memanggil Gamabunta dan, dengan memanfaatkan kekuatan rubah, mendaratkan sundulan kepala yang menentukan yang mengakhiri wujud buas itu dan menyelesaikan duel mereka.

Alih-alih melukai rivalnya yang telah kalah, Naruto memberi tahu Gaara bahwa ia juga pernah merasakan pedihnya kesepian tetapi menemukan orang-orang yang memberinya tujuan, menanam benih perubahan hati Gaara. Saudara-saudara dari Suna mundur bersama adik mereka, yang untuk pertama kalinya meminta maaf kepada mereka, sementara pasukan Oto dan Suna melarikan diri dari desa. Konoha berkumpul untuk berkabung, dan beberapa hari kemudian, pada pemakaman Hokage Ketiga, para shinobi bersumpah untuk tidak pernah melupakan pengorbanannya.