Pencarian Tsunade

Alur cerita Bagian I ini menandai debut Akatsuki dan mempertemukan Jiraiya melawan Orochimaru saat masing-masing berusaha mencapai Tsunade terlebih dahulu. Alur ini membentang di volume 16 hingga 19, mencakup bab manga 139 hingga 171 dan episode anime 81 hingga 100. Serangan Penghancuran Konoha terjadi sebelumnya. Manga berlanjut langsung ke Misi Pemulihan Sasuke, sementara anime berbelok melalui pengawalan Negeri Teh. Dinilai sebagai misi peringkat B, arc ini memulai perjalanan Naruto menuju penguasaan Rasengan.

Dengan Konoha yang masih terguncang akibat invasi yang gagal dan berduka atas Hokage Ketiga, para tetua meminta Jiraiya untuk mengambil alih jabatan. Ia menolak, mencalonkan rekan seperguruannya Tsunade, dan berangkat untuk mencarinya bersama Naruto setelah berjanji mengajari anak itu teknik baru. Sementara itu dua anggota Akatsuki, Kisame dan Itachi, menyusup ke desa. Mereka mengalahkan Asuma dan Kurenai, dan bahkan Kakashi tumbang oleh Tsukuyomi Itachi sebelum Might Guy mengusir keduanya. Tujuan mereka, terungkap kemudian, adalah Ekor Sembilan yang tersegel di dalam Naruto.

Ketika Sasuke mengetahui kakaknya muncul kembali, ia mengejar Naruto dengan putus asa untuk menyelesaikan perseteruan mereka. Itachi dan Kisame menyudutkan Naruto di sebuah penginapan, tetapi Jiraiya, yang terbebas dari genjutsu yang dimaksudkan untuk memancingnya pergi, menghalau serangan mereka. Sasuke menyerang Itachi dan dihajar serta dihancurkan secara mental oleh Tsukuyomi lainnya. Para pembunuh itu melarikan diri daripada menghadapi Jiraiya secara langsung, dan Guy membawa Sasuke yang hancur pulang, meyakinkan Jiraiya bahwa hanya Tsunade yang dapat menyembuhkan Sasuke dan Kakashi.

Saat mereka melakukan perjalanan, Jiraiya mulai melatih Naruto dalam Rasengan. Orochimaru, yang lengannya lumpuh setelah membunuh Hokage Ketiga, juga mengejar Tsunade, satu-satunya ninja medis yang mungkin dapat memulihkannya. Ia mencapainya lebih dulu dan, mengetahui rasa takutnya terhadap darah serta dukanya atas kehilangan adik dan kekasihnya, menawarkan janji untuk menghidupkan kembali mereka sebagai imbalan atas bantuannya, memberinya waktu seminggu untuk memutuskan. Jiraiya dan Naruto menyusul dan mempertaruhkan kalung Hokage Pertama untuk menentukan apakah Naruto dapat menyempurnakan Rasengan dalam minggu yang sama.

Terbelah antara godaan dan hati nurani, Tsunade akhirnya menolak Orochimaru, dan pertarungan meletus begitu ajudannya Kabuto merasakan niat membunuh di balik penyembuhannya. Kabuto terbukti menjadi lawan yang tangguh, mengeksploitasi fobia darah Tsunade, sampai Naruto mendaratkan Rasengan yang sempurna padanya dan ambruk akibat serangan balik yang melumpuhkan jantungnya. Tergerak oleh kemiripan anak itu dengan orang-orang terkasihnya yang telah meninggal dan penolakannya untuk meninggalkan mimpinya, Tsunade menghidupkannya kembali dan akhirnya mengalungkan kalung itu di lehernya. Ketika Orochimaru menerjang untuk membunuh Naruto yang melemah, ia menahan bilah itu sendiri, menaklukkan ketakutannya terhadap darah, dan mengklaim gelar Hokage Kelima. Ketiga Sannin kemudian memanggil Manda, Katsuyu, dan Gamabunta untuk bentrokan raksasa yang berakhir dengan kekalahan Orochimaru dan terpaksa mundur.

Kembali di Konoha, Tsunade menyembuhkan Sasuke dan Kakashi dari kerusakan yang ditimbulkan Itachi. Ia memeriksa cedera tulang belakang Rock Lee dan memperingatkan bahwa operasi korektif yang hanya dapat ia lakukan memiliki peluang yang sama untuk menyembuhkan atau membunuhnya, meskipun perhitungan pribadinya diam-diam meningkatkan peluang tersebut. Dalam anime, cucu Hokage Ketiga, Konohamaru, membenci gagasan pemimpin baru sampai ia mendengar kepedulian tulus Tsunade terhadap Lee, yang membuatnya luluh. Tepat sebelum pelantikannya, Shizune melihat sekilas sebuah bagan di meja tempat perkiraan kelangsungan hidup telah direvisi naik, dan ia hanya bisa tersenyum.