赤木ナオコ

ナオコはほぼ回想シーンの中でのみ描かれ、アニメ第21話に彼女の登場シーンの大半が集中している。また作品のイラストには深野洋一によるアートワークも含まれる。作中で強烈な印象を残す視覚的瞬間として、彼女が初代レイの首を絞めた直後にその表情を支配する恐怖があり、これはその直後に訪れる彼女の死を予感させるものである。

温もりと冷淡さが共存するナオコの性格は、後に娘のリツコにも色濃く受け継がれる。彼女はリツコを一人きりにすることが多すぎたことを認め、都合の良い時だけ母親を演じていたと自認し、リツコが後に男性との関係で苦悩する原因をその放置に求めているが、それを改めようとした形跡はない。

碇ゲンドウへの執着は本人が表に出す以上に根深い。彼女は心の中で碇ユイの失踪を歓迎し、望み通りだとさえ呼び、ゲンドウが妻の存在を真に手放すことはないのだと諦めているようでもあった。にもかかわらず、初代の綾波レイが、ゲンドウが陰で言っていた「用済みの古いババア」という言葉を繰り返した際、ナオコは激怒して少女の首を絞めた。傷ついた愛情と見捨てられた怒りの双方がその行動の引き金となったと考えられる。また、その場面でユイの声が聞こえ、レイの顔にユイの面影が重なることから、レイとユイの類似性もその引き金となった可能性がある。

彼女はマギを三つの側面を持つ自画像とみなしていた。メルキオール-1（Melchior-1）は科学者としての側面、バルタザール-2（Balthasar-2）は母としての側面、そしてキャスパー-3（Casper-3）は女としての側面を宿している。後にリツコがシステムを自爆させようとした際、キャスパー-3だけがその命令を拒否し、動揺したリツコはそれを「母が実の子よりもゲンドウを選んだ」と解釈した。

ナオコはネルフの前身組織であるゲヒンの科学部門を率い、ゲンドウや碇ユイと共に最初のエヴァンゲリオンの開発に従事した。彼女の最高の功績は自らの思考プロセスを移植した3台のスーパーコンピュータ「マギ」であり、彼女はその機械群を徹底的に記録・把握しており、その判断は日本の統治の多くを導くこととなった。

ユイの消滅後、ナオコはゲンドウと短い愛人関係に入った。それはセントラルドグマの頂上で、初代レイがゲンドウの自分に対する軽蔑の言葉を伝えたことで破局を迎える。ナオコは少女を殺害し、直後に下方のマギのコンピュータブロックへと転落死した。アニメ版ではその転落が自殺であったかどうかは明確に示されていないが、暗殺を示す証拠はなく、貞本義行による漫画版では明確に自殺として描かれている。

彼女の影響力は死後も続く。マギは、使徒イルエルのシステム侵入から『The End of Evangelion』での出来事に至るまで、彼女の死後も長きにわたり主要なストーリーラインの核となり、シリーズ全編を通じてリツコの物語に影を落とし続ける。