エヴァンゲリオン計画が発足した箱根の研究施設。表向きは国際連合の施設であるが、実際は秘密組織ゲヒルンの隠れ蓑であり、南極で発見された巨人の調査および人類最初のエヴァンゲリオン建造を目指す「E計画」を推し進めた。
同研究所はアダム再生計画である「E計画」を遂行し、エヴァンゲリオン各機を生み出した。2000年代初頭を通じてエヴァ研究開発の中心地として機能し、後のNERV本部施設の直接の前身となった。旧箱根の周囲に第3新東京市が建設され、NERV本部が完成すると、研究所の任務はその試みへと継承された。
人工進化研究所は、箱根に位置する研究施設群であり、表向きは国際連合の管轄下で運営されていますが、実際には秘密組織ゲヒルンに属しています。南極で発見された光の巨人「アダム」を調査・研究するために設立されました。
同研究所は、アダム再生計画とも呼ばれエヴァンゲリオン各機を生み出した『E計画』を実施した。2000年代初頭を通じて、エヴァの主要な研究開発拠点として機能していた。
碇ゲンドウがプロジェクト責任者として人工進化研究所を率いており、妻の碇ユイ、かつての恩師である冬月コウゾウ、そして技術主任の赤木ナオコ博士と共に研究を進めていた。
旧箱根の周囲に第3新東京市が建設され、NERV本部が完成すると、人工進化研究所の業務はその直接の後継組織であるNERVへと引き継がれた。
表向きはそうであるが、国連所属というのは公の偽装に過ぎない。人工進化研究所は実際には、国連の秘密研究機関であるゲヒールンに所属している。
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