NERV本部

NERV本部（NERV Honbu、通称NERV HQ）は、第3新東京市の地下に存在する大空洞ジオフロント内部から、NERVの世界規模の全作戦の中枢を担う。建設は2003年までにほぼ完了し、基地は発令所および施設と地上都市全体を統御するS.C.マギシステムによって管理されている。

第3新東京市自体が基地の拡張施設として設計された要塞都市であり、エヴァンゲリオン専用のエレベーター、給電ソケット、兵装ビルが配置され、職員の居住区となるとともに使徒からNERVを防護している。碇ゲンドウは、人類が提供し得るあらゆる資源がこの施設に注ぎ込まれていると語る。E計画およびアダム再生計画はここで始まり、エヴァンゲリオンの研究および大半の組み立てが現場で行われ、全稼働機体およびパイロットは本基地から出撃する。地表に見えるシンボルはジオフロント内に突起する黒いピラミッドであり、基地の貯水槽となる逆ピラミッドと対をなしている。頂上付近には司令官室が置かれ、『生命の樹』の図形と泡箱内の原子軌跡の写真で飾られている。第3新東京市の地上構造物に組み込まれた18枚の強化採光窓が空洞内に自然光を注ぎ込み、C-22特急などの列車が施設内へと直接乗り入れている。

各フロアは英数字で指定されており、「B」シャフトには司令施設が配置され、数値が大きいほど地下深くに位置する。ミサトのマップでは発令所はセントラルドグマ内の地下20階（B-20）に位置し、巨大な六角形として配置されている。セントラルドグマにはNERVの最重要施設の多くが集中している。第13話で使徒イロウルが新設されたタンパク質壁から侵入してマギへのハッキングを試みた、プリブノーボックスを備えたシグマユニット（エヴァンゲリオンシミュレーション体のテスト室）、綾波レイが誕生したとされる人工進化研究所、失敗したエヴァの試作機の墓場、そして予備部品およびダミープラグコア用のレイの複製を培養する中央部のダミープラグプラントである。エヴァンゲリオン自体は少なくとも7基のケイジに格納され、移動式プラットフォームによって地上への射出カタパルトまで引き上げられる。第19話で初号機がゼルエルをケイジとカタパルトの間の壁を突き破って吹き飛ばした際に、その配置が描写されている。

さらに下方には、ジオフロントの床面から2008メートル、地表から約3キロメートル下に位置する最深部の最重要機密区域「ターミナルドグマ」が存在し、中央シャフトの螺旋エレベーターでアクセスする。立ち入り許可を持つのは碇ゲンドウ、冬月コウゾウ、赤木リツコの3名のみである。下降ルートはゲヒルンおよび後のNERVが廃棄場として利用した黒き月のハニカム構造の内部を通り、ピンク色にきらめく天蓋の下に広がる広大な塩湖へと至る。その先には「天国の扉（ヘブンズ・ドア）」があり、放射能標識が刻まれた七角形に囲まれ、赤い十字架に拘束されたリリスが横たわる部屋へと通じている。絶え間なく流出する彼女のLCLは国連フリゲート艦が巡視でき、エヴァンゲリオンの腰に達するほどの深さの海を形成しており、この深層部でLCLプラントが稼働している。

基地には碇ゲンドウ司令のもと、NERVの全職員が勤務している。発令所のオペレーター陣、エヴァンゲリオンの整備を担う技術部、そしてジオフロントと本部構造物の双方を警備する保安部隊である。主発令所の数フロア下には予備発令所が配置されている。

ターミナルドグマの秘密は最高機密権限を持つ3名の幹部（ゲンドウ、冬月、リツコ）のみに属し、彼らだけがリリスの安置室へと降りることができる。それ以外のすべては、出撃カタパルトから地上都市に至るまで、マギの判断に基づいて運用される。