エヴァンゲリオン弐号機II式

小説『新世紀エヴァンゲリオン ANIMA』において、本機は弐号機の正常進化型として描かれており、赤とオレンジの配色を維持しながらもシルエットはより重厚になっている。プロローグにおけるエヴァ量産機との戦いでロンギヌスの槍の複製品に頭部を貫かれ視神経を破壊されたため、改修にあたり4つ目のメインカメラが一対へと変更された。

機動性と行動半径を確保するため、技術陣はアンビリカル給電システムを全廃した。代わりに、ラミエルから回収したS²機関を電力源とするネルフ日本のメーザー送電タワーからマイクロ波で送られるエネルギーを、レクテナ（受電アンテナ）で受信する方式が採用された。電磁障害によって送電効率が半分以下に落ちることもあるが、この仕組みによりケーブルの届かない遥か遠方での戦闘が可能となった。稼働時間は大幅に延び、互換性がある部位には初号機のS²機関技術由来のハードウェアが組み込まれている。

本機の武装は実体剣とレールガン技術を融合させたものである。マゴロクの系譜を引く両手持ちの刀剣「備前長船」は、刃の周囲にA.T.フィールドを展開する。「新型パレットライフル『パワー八項』」は効率化のためにレールガン技術を採用しており、肩部ウェポンラックのレールに装着可能で、敵のバリアを貫通してA.T.フィールドを投射する長砲身バリエーションの研究へと発展した。また、ミサトの命令により、アスカはサードインパクト失敗以来、液体窒素に漬けられた状態でも振動し続けていたロンギヌスの槍の複製品を「パンドラの箱」から回収する。

最初のエンジェルキャリヤーがネルフ日本を襲撃した際、アスカは旧ジオフロントへと追撃し、ロンギヌスの槍の複製品で止めを刺した。だが、2体目のキャリヤーはより手ごわく、シールドでライフル弾を防ぎ、レリエルから奪った能力で槍を胴体の赤い繭へと引きずり込み、無防備となった弐号機の両腕を叩きのめした。アスカは十字型レクテナをキャリヤーの足元に投げつけ、メーザー砲の全出力を照射させてアンテナを過充電し、半径500メートルにおよぶ強烈な電磁爆発を引き起こして反撃した。新たに覚醒したスーパーエヴァンゲリオンが敵の注意を引きつけ、素手でシールドを打ち破る中、アスカは迂回して肩部パイロンを狙撃し、輝くQ.R.サインの1つを破壊した。初号機がフィールドを纏ったキックでもう1つを砕くとキャリヤーは崩壊し、弐号機II式はバッテリーを使い果たして膝をついた。

月面遠征を前に、アスカは迷彩効果を狙って機体を月面色に塗り替えさせ、飛行ユニット「UX-1 アレゴリカ」を装着することで「エヴァンゲリオン弐号機II式アレゴリカ」へと換装された。

惣流・アスカ・ラングレーがパイロットを務め、コアには母である惣流・キョウコ・ツェッペリンの魂が宿っている。復帰を早めるための修復案として、大破した機体に保管されていた零号機の頭部を移植する計画も存在したが、パイロットと移植パーツの相性不一致によるリスクが高いため見送られた。モバイルゲーム『スーパーロボット大戦X-Ω』では式波・アスカ・ラングレーの搭乗機として登場し、2025年6月にはドラゴンホースからCCSTOYS製の完成品フィギュアが発表され、槍、レクテナ、アンビリカルケーブル、シールド、N²爆弾ラック、および両タイプのパワー八項が付属した。