真実の奥の真実

2003年版の第19話では、賢者の石の材料が人間の生命であることにショックを受ける兄弟の姿を描く。刑務所に隣接する大規模施設でしかそのような材料を供給できないと推理したエドワードは、閉鎖された第5研究所に着目し、マリア・ロスの制止を振り切ってアルフォンスとともに潜入する。罠が張り巡らされた廃墟の中で、彼らは秘密を護る2体の魂を定着させた鎧の守護者と遭遇する。

手帳の内容に動揺したエドワードは、自分たちが永遠にこの体に閉じ込められたままなのではないかと吐露するが、アルフォンスと聞き入っていたロスに励まされて前を向く。地図を広げたエドワードは、かつて故バスク・グランが管理し中央第2刑務所に隣接する廃研究所（第5研究所）で死刑囚が錬成材料として集められていると推測する。彼はロスとブロッシュに調査を任せるフリをして、その夜アルフォンスとともに抜け出す。図書館ではスカーが警備員を倒し、残された手帳を読んで兄弟が秘密に気づいたことを確認、研究所を示す地図を発見する。ホムンクルスたちはエドワードの抹殺を議論するが、ラストは彼に使命を果たさせるべきだと主張する。通気口を潜り抜けたエドワードは罠を解除するが、知らず知らずのうちに地下に封印されていた別のホムンクルス、グリードの封印を緩めてしまう。互いを『48』『66』と呼び合う陰気な2人が動き出し、ナンバー48がエドワードと剣を交える一方、ナンバー66はアルフォンスを襲う。一撃を見舞ったエドワードは相手の鎧にある血の錬成陣を目撃し、その守護者が弟と同じ空洞の存在であることに気づく。その頃、故郷のウィンリィは『A-08』のネジを外し忘れたことを思い出していた。

ストーリー要素は原作漫画の『二人の守護者』に基づいている。英語版DVDのオーディオコメンタリーでは、アルフォンスの声を響かせるために声優が金属製のボウルに向かって発声したことが明かされており、スライサー兄弟やチョッパーのバリーにも同様の演出が施された。なお、日本語オリジナル版の収録でも同様の手法が用いられたかは定かではない。