人体錬成

スカーが賢者の石を完成させ、かつて第5研究所でホムンクルスの秘密を知ったと突き止めたタッカーは、死んだ娘ニーナを石の力で連れ戻す代わりに石を操る方法を教えるという取引をアルフォンスに持ちかける。ダンテの館で、イズミは400年前にホーエンハイムからダンテへ宛てられたラブレターをエドワードに見せ、少年はその古代の女性こそがホムンクルスを操る真の黒幕であると理解する。彼は一人で彼らに立ち向かうことを決意する。

ブラッドレイはマスタングとアームストロングを北方遠征へと送り出し、留守中のセントラル防衛にはアーチャーが残っていると告げ、ダンテのもとへ降りていく。ダンテは知りすぎた兵士たちをエンヴィーが皆殺しにすると約束する。エンヴィーは追放されたホーエンハイムへの復讐を奪われたことに激怒するが、ホーエンハイムの息子たちから精製される新しい石の提示によって落ち着く。スロウス、ラスト、ラースが兄弟のホテルの部屋に迫り、エドワードが戻ると、彼はラストを挑発して隠されたロケットペンダントを攻撃させ、その後ラースがエドの機械鎧の腕の一部を融合させて彼を拘束する。エドワードは奪った手足では魂を得られないと思い知らせ、拘束を破って路地へと逃走する。

追い詰められたラストはためらう。彼女はすべてのホムンクルスが人間になれば敵はいなくなると主張し、自分を人間にしてほしいとエドワードに哀願する。ラースがダンテを裏切ったラストに襲いかかると、エドワードは代わりに彼女を救う。工場へ向かう途中、エドは不死の者がなぜ人間を切望するのかと冷たく尋ねるが、アルフォンスを元に戻したいというエドの願いも変わりないと傷ついた様子で答えられ、二の句が継げなくなる。彼女は願いを叶えない限り主の名を明かそうとしない。工場では、タッカーが既に石の一部を使ってニーナの魂を定着させられない虚ろで心なき子どもを作り出しており、そこへスロウスが現れて弟のエルリックをダンテのもとへと連れ去る。

イズミの見せた400年前のラブレターにより、エドワードはダンテがホムンクルスを指揮していると確信する。ブラッドレイはマスタングとアームストロングを殺害目的の北方遠征へ送ると決定し、ダンテはエルリック兄弟からの石を約束してエンヴィーをなだめる。エドワードはラストの弱点を利用し、その後彼女をラースから救い、ラストは主の正体を隠しつつ人間になりたいという望みを明かす。タッカーはニーナを復活させようとしてアルフォンスの中にある石の一部を無駄にし、スロウスはダンテのためにアルフォンスを奪う。

これはエドワードが手を合わせることも陣を描くこともなく錬金術を行う初めての場面であり、ラースとの格闘中に残された左手を失われた機械鎧の切断面に滑らせて発動させている。