第62話（2009年版アニメ）

『お父様』が新たな賢者の石の精錬のためにブリッグズ兵の命をさらに吸収する中、ホーエンハイム、アル、イズミ、メイが彼を止めるために地上へと到達する。ホーエンハイムは、ホムンクルスが破壊しか行わないのに対し人間は創造する存在であり、神となった『お父様』であっても破壊することしかできないと主張する。体に動揺した『お父様』は、自らの体から実体化したクセルクセスの失われた魂である生きている人々を生やさせるが、直後に神のエネルギーの爆発で彼らを消滅させ、エドが登ってくる中で敷地の広範囲を照らし出す。

下方では、アレックスが負傷者と戦士たちを運ぶリフトを錬成して引き上げ、グリードのいる踊り場で停止させる。カーリーからの無線報告で『お父様』が中央司令部の半分を壊滅させたことが確認されると、オリヴィエはアレックスに指揮権を委ねてその場に残り、ホークアイの目を必要とするマスタングは『お父様』の内部にある石を攻撃し続けるために前進する。ランファンもリンの側に立つために彼らに加わる。ブラッドレイの遺体の脇を通りかかる際、オリヴィエは膝をつき、自分の部下たちがどれほど強く証明されたかを亡き大総統が目撃したかどうか問いかける。

地上では、メイを庇って破壊されたアルの体を見つけ、エドはイズミが助かったのはホーエンハイムが身を挺して守ったおかげだと知る。『お父様』は焦げた老人を押し退け、エドとイズミを引き出そうとするが、ブリッグズ兵たちが押し寄せてライフル、ロケット砲、機関銃を連射し、マスタング、アレックス、ホークアイ、ランファン、ザンパノ、ダリウスが『お父様』のエネルギーを削り取るための容赦ない集中砲火に加わるまでの時間を稼ぐ。手袋を失ったマスタングは手を叩いて錬成陣なしの錬金術を行い、防御壁を立ち上げながら新たな価値を見出す。

グリードが突撃して『お父様』を殴り、密かに神の力を吸収しようとするが、『お父様』に引き込みを逆転される。エド、アレックス、イズミが肉弾戦で畳みかけ、『お父様』がエドのオートメイルの腕を砕いて倒れ込み、目が口元へと昇る中で神を体内に留めようと苦悶する。魂を求める『お父様』は、左腕を鉄筋に刺し貫かれたエドに近づく。彼の手には届かず、血の錬成陣に亀裂が迫る中、アルは選択を下す。メイにエドの空いた右肩の周囲に陣を描かせ、真実の扉にて自らの鎧の魂と引き換えに本来の肉体を取り戻し、エドワードの生身の右腕を復活させる。その犠牲に激怒しながらも再び腕を得たエドは、5年ぶりに人間の両手を打ち合わせ、拘束を破って土の巨拳を『お父様』に叩き込む。一同が歓声をあげる中、グリードは本当に欲しかったのは自分を想ってくれる仲間だったとリンに打ち明け、エドはよろめくホムンクルスに対して、お前では到底勝ち目がないと告げる。

このエピソードは原作漫画の第103話『傲慢の深淵』と第104話『最後の戦い』を映像化したものであり、アイキャッチにはアルフォンスの血の錬成陣が描かれている。最終回前のスカーの最後の登場シーンは、倒れ込んで運命が曖昧にされた原作漫画よりも悲壮感が抑えられており、アニメではオリヴィエにカメラが向けられる中で負傷部位を押さえる姿が描かれるにとどまる。いくつかの展開が改変されており、『お父様』は斉射を防御するのではなく弾丸によって倒され、復活したクセルクセス人には漫画で見られた急速な崩壊の兆候が見られず、グリードの突撃は神の力を直接奪い取る試みとなり、エドの近接攻撃は錬成された壁に防がれてイズミとアームストロングが加わる形となっている。彼の最後の威嚇は、物語序盤でコーネロに対して放ったセリフを意図的に踏襲している。