第63話（2009年アニメ）

エドは素手でお父様を打ちのめし、ただの人間が神の力を有する者に勝利しつつあることにホムンクルスを混乱させる。神のエネルギーが抜け出そうとすると、お父様はそれを呑み戻し、グリードの賢者の石を吸い取ろうと襲いかかる。リンは肉体を共有するグリードにしがみつくが、グリードは魂を守るため皇子を弾き飛ばし、生涯唯一の嘘を明かす。ランファンがラースから奪った石を持っているため、リンは依然として王位に就くことができるというのだ。お父様がグリードの炭素能力を吸収する際、ランファンはクナイの一閃で腕を切り落とす。内部からグリードは、お父様の身体を最も脆い炭素へと密かに変えたと説明し、ホムンクルスは自重で崩れ始める。激怒したお父様はグリードの魂を引き抜いて投げ捨て、強欲のホムンクルスは魂が大切にするようになった仲間たちに愛おしい別れを告げて消滅する。

エドは脆くなったお父様の体を拳で貫き、最後のクセルス人の魂が空へと解き放たれる。賢者の石を使い果したお父様は「真理の扉」の黒い手に捕らわれ、400年前のフラスコの中の小人へと戻され、自身の扉の前に立たされる。真っ白な姿で彼の形を模した「真理」は、他人の力を奪い、人間として成長することなく神を追い求めたため失敗したのだと告げる。どうすべきだったのか問い詰めるお父様に、真理は扉が永久に閉ざされる前に自分の目で答えを見るべきだったと告げるのみであった。

瓦礫の中で、リンはアルを取り戻すために石をエドに差し出すが、エドは石を使わないという誓いを守り、消えゆく命と引き換えにしようとするホーエンハイムの申し出も拒否する。自力で解決策に気づいたエドは、グラトニーの体内で描いたような人体錬成陣を描き、仲間たちにすぐ戻ると約束して最後の錬成を行う。扉の前でエドは自らの「真理の扉」を対価として差し出し、錬金術で全てを解決できるという過信を捨て、錬金術を失って普通の人間に戻ることを受け入れる。真理はエドの勝利を認め、完全に元に戻ったアルフォンスを連れ帰ることを許す。アルフォンスは5年ぶりに人間の目で太陽の光を見つめ、兄、父、仲間たちに抱きしめられる。

夜が訪れ、エドは小さくなったプライドをブラッドレイ夫人に返し、中央ラジオは全国的な混乱をマスタングとオリヴィエ率いる部隊が阻止した中央司令部の実験失敗として報道し、クレミンとエジソンは失脚、ブラッドレイとセリムは行方不明と発表される。ホーエンハイムはリゼンブールへ戻り、トリシャの墓前で膝をつき、彼女と息子たちに出会えたことで長すぎる人生が幸せなものになったと振り返り、夜明けにピナコが発見する中で穏やかな笑顔を浮かべて静かに息を引き取る。

本話は原作マンガの最終話「旅路の果て」を映像化しており、アイキャッチにはエドワードの扉に刻まれたセフィロトの樹のレリーフが描かれている。オープニング楽曲なしで始まり、ヴァン・ホーエンハイムの生涯を描く映像とともに主題歌『レイン』で締めくくられる。最終話の掲載前に絵コンテから制作されたため、アルが復元される場面で崩壊していない建物が残っているなど原作と異なる箇所があり、衣装の違いも説明がつく。英語版では真理の承認のセリフにエドとアルの声が重なっており、原作ではグリードの攻撃がお父様の片腕と片脚を奪うのみであるのに対し、アニメでは全身を黒鉛に変えることで人間の拳が貫通することに説得力を持たせている。