第64話（2009年アニメ）

ノックス先生がマスタングの病室にお忍びの客を連れてくる。部下たちが視力を失った大佐にイシュヴァール復興計画の助言をしている中、マスタングは聖地を返すことでイシュヴァール人に報いようとしていた。来客はマルコー博士であり、マスタングの視力を戻すために同胞の命から作られた賢者の石を提供する。マスタングは受け入れるが、まずハボックを治療するよう主張する。アームストロング家の屋敷では、オリヴィエとマイルズが回復中のスカーの世話をしており、復興の指揮を執るマイルズはイシュヴァールの信仰再建への協力を求める。スカーは承諾し、オリヴィエから本名を尋ねられると、二度死んだ男に名などなく、彼女が呼ぶ名に従うと答える。

リゼンブールへ向かう道中、エドは弱ったアルを置いていくことを拒み、旅を始めたときのように最後まで一緒に行こうと言い張る。シン国の戦士たちが帰国する際、リンがチャン一族を守り、フーを弔うと誓ったことを二人は思い返す。兄弟がロックベル家に到着すると、ウィンリィが駆け出し、ついに完全に元に戻った二人を見て涙ながらに迎える。

2年後、エドは手作業で屋根を修理しながら錬金術が恋しいと認め、アルはウィンリィのアップルパイが出来たと彼を呼びにくる。大総統邸では、新大総統グラマンが東方のマスタングと北方のブラッドレイ（アームストロング）の働きによって自身の仕事が楽になっていることに感心し、額に印が残る幼いセリムが手負いの鳥に優しく接するのを見つめ、ホムンクルスと人間が真に共存できるのだろうかと呟く。グレイシアとエリシアを訪ねたアルフォンスは、兄弟が辿り着いた新たな理念を語る。10もらったら10返すのではなく、10もらったら自分の何かを足して11にして次の人へ渡すという考えである。その後、アルはジェルソやザンパノとともにシンのメイのもとで錬丹術を学ぶため旅立ち、エドは西方の錬金術を学ぶため西へ向かい、二人とも世界を見る旅に出る。

駅でウィンリィはエドの機械鎧について小言を言いながら見送る。エドはお互いの人生の半分を等価交換しようとプロポーズし、ウィンリィは半分どころか全部あげると返し、エドは笑って彼女を抱きしめて列車に乗り込む。走り去る列車の中で、彼は痛みが何かを得るための対価であり、それを乗り越えた者は強靭な「鋼の心」を手に入れるのだと振り返る。額に入った写真のカメラワークが全員のその後の姿を映し出す。トリシャの隣にあるホーエンハイムの墓、イシュヴァールを復興するスカーとマイルズ、皇帝に即位したリン、視力を取り戻しヒゲを蓄えたマスタングと髪を短く切ったリザ、そしてアメストリスに戻ったアルフォンスとメイ、ウィンリィと結婚し二人の子供に恵まれたエドワードの家族写真で締めくくられ、列車内で微笑むエドの姿で終わる。

マンガの最終話「旅路の果て」を映像化した本作は、『FULLMETAL ALCHEMIST』の最終話であり、後に時系列上過去を描いた劇場版『嘆きの丘の聖なる星』が公開された。アイキャッチには錬金術の記号ではなくアメストリスの地図が唯一使用されている。冒頭のマスタングの場面は原作の野戦病院の決定とは異なり、アニメではイシュヴァール復興がすでに始まっている彼自身の構想として描かれている。本話ではエドがメイの件でアルをからかう場面が追加され、ジェルソとザンパノが錬金術を学んだという原作の描写が省かれ、ラストの写真にはガーフィエルとパニーニャが追加されている。エドワードの「鋼の心」のモノローグは、原作のあとがきにおける荒川弘のファンへのメッセージに由来する。また英語版吹き替えではデンがオスとされているが、原作や字幕ではメスとして扱われており、最終回はオープニング主題歌なしで挿入歌『RAY OF LIGHT』と『ホログラム』が使用されている。