二人の錬金術師

物語は、禁忌とされる人体錬成の失敗により片足を失い、地下室で血を流して倒れている少年の姿から始まる。彼は弟のアルフォンスの名を叫ぶが、返事はない。数年後、鋼鉄の鎧に身を包んだ大柄な人物を伴ったその少年は、辺境の町リオールに到着する。そこではラジオから、地元の指導者コーネロ教父の説く太陽神レトへの信仰が流れていた。小競り合いをきっかけに錬金術師であることを明かした二人は、自分たちが噂のエルリック兄弟であり、鎧の人物が弟のアルフォンス、そして小柄な兄が「鋼の錬金術師」の二つ名を持つ国家錬金術師エドワードであることを告げる。二人は、レトの力で亡き恋人を蘇らせてもらえると信じる熱心な信者のロゼ・トーマスと出会い、エドワードはその奇跡に懐疑心を抱いて調査を開始する。

聖堂でエドは、神や死者の復活を否定する科学的な論理を展開してロゼの信仰に異議を唱えるが、コーネロが目の前で見せた奇跡の力から、兄弟はその裏に不自然な何か、すなわち自分たちが長年探し求めていたものが存在することを確信する。二人は謁見を申し出るが、彼らが軍部から自身の密計を探るために送られたのではないかと警戒したコーネロは、二人を抹殺するよう命じる。部下のクレイ修道士らが襲いかかるも、エドとアルは即座に彼らを叩きのめす。しかしその闘いの最中、アルフォンスの兜が外れ、鎧の中身が空洞であることが露わになる。恐れおののくロゼに対し、兄弟はアルの身体が神の領域を侵した代償として失われたことを説明し、教父の真実に向き合うよう促す。

奥の部屋でコーネロと対峙したエルリック兄弟は、彼が錬金術を使って奇跡を捏造していると糾弾し、法則を無視した錬成を行っていることから伝説の増幅器「賢者の石」を所持していると指摘する。コーネロは偽りであることと石の所持を認めるが、引き渡しは拒否する。恋人の復活を再び約束されて心を揺さぶられたロゼが静観する中、教父は兄弟を殺害するためにキメラを解き放つ。エドワードは獣と交戦し、錬成陣なしで錬金術を発動させて敵を驚愕させる。それでも怪物を倒しきれないと見ると、エドは自身の右腕と左足が機械鎧（オートメイル）であることを明かし、三流のコーネロに格の違いを教え込んでやると言い放つ。

エドワードが足を、アルフォンスが身体を失うこととなった失敗した錬成の結末とともに、エルリック兄弟が登場する。二人はリオールでロゼ・トーマスと出会い、賢者の石を使って奇跡を装っていたコーネロ教父の詐欺を暴く。激突の中でアルフォンスの空の鎧とエドワードの機械鎧が明かされ、キメラの襲撃とエドの錬成陣なしの錬金術で幕を閉じる。

エドワードは聖堂で人間の傲慢さを説明する際、イカロスの神話を引用しており、アメストリスにギリシャ神話に相当する伝承が存在することが示唆されている（後にクセルスセスによって裏付けられる）。また本話では、エドワードが12歳で国家錬金術師資格を取得したことも明かされる。