銃撃を受けて入院したトグサは、記憶が薄れる前に発見した情報を渡そうと必死になる。彼の記憶を追体験した9課のメンバーは、麻薬取締部による「ひまわりの会」への襲撃を目撃し、怒りを募らせる。荒巻は麻薬取締部局長に対し、襲撃時にトグサがひまわりの会の建物内にいたことを告げる。この明かしにより、麻薬取締班は今来栖医師の邸宅へと向かう。数年前、今来栖は村井ワクチンを非承認とした委員会の委員長を務めていたが、自らが電脳化硬化症と診断されると、自ら拒絶したはずのワクチンを秘かに投与し始め、姿を消していたのだった。
公安9課は、この医師こそが笑い男事件全体の謎を解き明かす鍵であると考え、彼の捜索を急ぐ。米帝の監視衛星を借り受けて居場所を特定すると、バトーが身柄確保に向かう。一方、日本政府内の有力者たちは事件を闇に葬ろうと9課に対する独自の攻勢を開始し、対立する部隊を後押しする。
「置き去りの痕跡」では、負傷して入院中のトグサが「笑い男事件」に関して得た情報を報告する中、公安9課は、承認が抑圧された村井ワクチンに関わる今来栖博士のもとへ向かうため、ライバルの麻薬取締部と先陣を争います。
公安9課は今来栖博士が「笑い男事件」解明の鍵を握っていると考えており、ライバルの麻薬取締部に先駆けて彼を特定するため、借用した米帝の監視衛星を使用します。
両チームが同時に今来栖のもとに到達し、草薙素子が単身で海自303式アームスーツを食い止めている間に、バトーは博士を連れて脱出し、パズとサイトーも戦闘に加わります。
いいえ。公安9課はイマクルス博士を保護することができませんでしたが、麻薬取締局に対抗するのに十分な証拠を手に入れることには成功します。
「置き去りの軌跡」は『STAND ALONE COMPLEX』の第21話として、日本では2003年2月18日、英語版は2005年4月3日に放送された。監督は竹下健一、脚本は佐藤大が手掛けた。
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