公安9課

内務省の下に位置するこの情報機関は、士郎正宗のアニメや漫画作品を通じて登場し、英語翻訳では「Public Safety Section 9」と表記されることもある。劇場版第1作では「攻殻機動隊」や「外務省公安特務捜査隊」などの別称でも呼ばれる。所属員は一般の捜査活動から電脳空間での戦闘に至るまで、幅広い分野にわたる訓練を受けている。

同部隊の組織デザインはドイツのGSG-9を参考にしており、初期には英国SAS第22連隊との合同演習も行っていた。名目上は捜査・救助機関としてスタートしたが、実体は日本の国家公安委員会の傘下で機能する対テロ・対犯罪ネットワークである。エージェントは公認・非公認を問わず行動し、世間からはほぼ不可視の存在を保つ。人員の採用は他組織からの実戦経験豊富な人材の引き抜きによって行われ、志願者は受け入れない。

映画第1作において、少佐はニューポートシティのビル監視任務に派遣される。そこでは外国勢力が「プロジェクト2501」のバグを修復可能な地元技師の引き抜きを企てていた。光学迷彩を身にまとった部隊が包囲し、外国高官が技師の引き渡しを拒否すると少佐は高官を射殺する。『STAND ALONE COMPLEX』では、部隊は「笑い男」事件に直面し、少佐は犯人に成りすますことでマイクロマシンメーカーを標的とした政府の陰謀をあばく。当局が捜査を知ると部隊は解散させられて牙をむかれ、海坊主の特殊部隊と303式アームドスーツが本部へ突入する。隊員たちは抵抗した後にニューポートシティの下水道を通って脱出し、少佐が死亡したと見せかけて捕獲されるものの、一連の壊滅劇は真犯人を露呈させるための荒巻の策謀であったことが判明する。

第2期『2nd GIG』では、特殊部隊法案の改正後も非公式のまま活動を続ける部隊が、難民政策を巡り「個別の11人」が引き起こした中国大使館での人質立てこもり事件に巻き込まれる。人質を出さないことを条件に組織の完全復活とタチコマの予算確保を約束され、部隊は危機を乗り切り、難民問題がシーズン全体を牽引していく。『Solid State Society』では少佐の離脱後に組織が再編・拡大され、トグサが隊長を務め、電脳集団自殺や「傀儡廻」と呼ばれるウィザード級ハッカーによる約2万人の子供の拉致事件を捜査する。『SAC_2045』までに部隊は再び解散されており、荒巻は内務省の顧問として残り、少佐、バトー、イシカワ、サイトーらは民間軍事会社「GHOST」を結成してカリフォルニアの持続可能戦争で戦っていたが、新首相の命により出現したポスト・ヒューマンに対抗すべく公安9課が再建される。

荒巻が課長として組織を統括し、草薙素子が現場指揮官を務める。彼女は世界最高峰のハッカーであり近接格闘術の達人でもある義体化サイボーグである。義眼レンズと強化義肢をもつ元レンジャーのバトーは、家族を持ち道徳的良心としてチームの精神的支柱であるほぼ生身のトグサと共に現場で活動する。イシカワは情報収集と技術支援を担当し、サイトーは人工衛星と連動する鷹の目をもつA級スナイパーとして機能し、パズとボーマが現場陣形を固め、後者は重火器と後方支援を担う。後の新入隊員にはアズマ、ヤノ、メイヴン、クロ、レイコ、シタラ、ラドリヤ、ツナギ、そしてMIT出身のエザキプリンらが加わる。

また部隊は思考戦車（多脚戦車）シリーズを配備している。原作漫画のフチコマは権利上の理由から『STAND ALONE COMPLEX』でタチコマへと変更され、どちらのアニメーションAIマシンも衛星通信を通じた並行化によって子供のような個性を発達させた。後に大型のウチコマが登場し、「ARISE」世代では赤いロジコマが導入された。さらにアンドロイドのオペレーターやプロトタイプ・バイオロイドのプロトが、民間警備会社を装って新浜市に隠された本部内で日常的な支援業務を行っている。