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ニューポート市に拠点を置く研究機関であり、「本来ゴーストを持たないはずの人工知能の内部に、真の自我の芽生えであるゴーストが自発的に発生し得るか」という単一の問いの解明に専念している。

『STAND ALONE COMPLEX 2nd GIG』で登場する日本の情報機関。先の大戦後に設立され、海外情報の収集と分析を行い、自らの目的に合致する場合には陰から世論を誘導する役割を果たす。

『攻殻機動隊』の世界において、中央情報局（CIA）は米帝の諜報機関の一つとして機能している。戦後の戦略情報局（OSS）にまで遡るこの機関は、傷を負った被験者が殺人鬼と化した隠蔽された戦時中の計画を通じて、公安9課の記録に浮上する。

日本の麻薬取締局は、麻薬取締法規の遵守を担い、国内の違法薬物対策を主導する国家機関である。その精鋭組織として、高リスクな麻薬取締任務のために編成された特殊作戦部隊（麻薬取締班）を擁している。

ロシア語の略称SVRとして知られる対外情報庁は、モスクワの対外諜報機関である。1991年にKGBの崩壊に伴い誕生し、旧ソビエト連邦の海外情報収集機構を継承してロシア連邦の時代へとその任務を引き継いだ。

GHOSTは、『攻殻機動隊 SAC_2045』の中心となる民間傭兵部隊である。公安9課解体後に草薙素子によって結成され、世界経済を維持するために捏造された世界的な紛争のなかで、かつての仲間たちを再び雇われ兵として機能させている。

人質救出部隊は、危機発生時に捕虜や人質の解放を専門とする国際的な組織である。しかし、国家安全保障上の問題によって、まさに解決のために存在する現場から排除されることもあるため、その権限には限界がある。

人間解放戦線は、第三次世界大戦後に電脳化の拡大に対抗して台頭した過激派運動組織である。その信奉者たちは、脳を機械に置き換えることは人間の尊厳を奪うものだと主張し、電脳疾患が人々の中に広まるにつれてその恐怖はテロリズムへと深化していった。

「個別の11人」は『攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG』に登場するテロの連鎖であり、陰謀者のセルというよりは隠された電脳ウィルスによって引き起こされる。政治的論文を装った感染症は、ナショナリズムを信奉する者を同調的な攻撃者へ、そして最終的には自発的な殉教者へと変貌させる。

航空自衛隊は、日本の防衛省の管轄下にある自衛隊の航空部門である。陸上自衛隊や海上自衛隊と並び、日本の防衛力を支える三本柱の一つとなっている。

日本陸上自衛隊は、自衛隊の陸上部門であり最大規模の部隊である。日本の山がちで島国という地理的特徴に対応し、防衛省の傘下で侵略から日本本土を防衛する備えを担う。

日本海上自衛隊は、日本の海上交通路（シーレーン）を確保し、沿岸の安全を守る役割を担う海上戦力である。エネルギーや食料の輸入に依存する日本にとって、自国を支える海上ルートの防衛は義務であると同時に、抱え続ける脆弱性でもある。

クゼのレジスタンスは、2017年の実写映画『ゴースト・イン・ザ・シェル』に登場する反乱勢力である。強大な巨大企業ハンカ・ロボティクスに対抗し、映画の物語の中心となる同社に立ちはだかる存在として描かれている。

『攻殻機動隊』の世界観における日本政府の閣僚級省庁である自治省は、警察行政、国内治安、出入国管理を担当する。その傘下の公安局には、9課や1課が所属する各部門が存在する。

モサドは、『攻殻機動隊』の世界観内に存在するイスラエルの高名な諜報機関である。かつては世界中で恐れられていたが、作中の時代においては、やや軟弱化し全盛期の切れ味を失った組織として描かれている。

『STAND ALONE COMPLEX』において麻薬取締局（DEA）の精鋭戦術部門であった麻薬取締部隊は、上層部によって暗殺部隊へと変貌させられる前は特別な麻薬捜査を遂行していたが、その後潜伏して公安9課への報復に動いた。

人類解放戦線の教義を中心に結成されたテロ組織である新世界旅団は、人間と機械を分離したまま維持しようと、サイバネティクスやロボット技術を製造する企業を攻撃し、義体化に対する敗北必至の運動を展開している。

正式名称を特殊工作部隊とする公安1課は、自治省の配下で表面上運用されており、日本国内における刑事捜査の大半を担当する公安機構の部門である。

公安2課は厚生労働省の管轄下にあり、正当な科学研究の境界を取り締まる組織である。同省の許認可を得ずに進められる実験や特許申請の追求を行っている。

公安3課は、アメリカの麻薬取締局（DEA）に相当する日本の組織であり、戦闘と捜査の両方に対応できるよう相互訓練を受けた捜査官を擁して国内の麻薬取締作戦を推進している。総務省の管轄下にある。

「レンジャー」の通称で知られる4課は、揃いの義眼を装着した陸上自衛隊の精鋭特殊部隊である。出島難民危機の最中、奪取された核弾頭を巡って公安9課と対立したが、バトーが対立を収束させた。

原作漫画および劇場版第1作に登場する6課は、外務省傘下の情報部隊であり、非電脳化の隊員を中心とする構成員たちが2501計画の機密を防衛し、同業の公安隊員を射殺したことで悪名を馳せた。

士郎正宗の『攻殻機動隊』における中心組織である公安9課は、内務省直属の非公然対テロ・対犯罪特務部隊である。荒巻課長が率い、草薙素子少佐が現場指揮を執り、精鋭の隊員たちがサイバー戦や非公式の特殊作戦を専門としている。

メキシコ暫定政府を支援する志願兵組織であるレッドビアンコは、麻薬戦争を装った紛争において国連と米帝の両方を阻んだ。サイトーは同組織の階級に身を置き、そこで敵対する側として戦いながら初めて少佐と遭遇した。

難民解放組織（RLO）は、第四次非核大戦後も依然として難民キャンプに収容されている数百万人を代表し、日本政府からの独立を求めて運動を展開している。非営利団体を自称しているが、同グループには汚職の噂がまとわりついている。

衰退した犯罪シンジケートであるロシアンマフィアは、人々を拉致し、その電脳や臓器を国外へ密売することで大半の資金を得ている。同組織による「目隠しのイワン」誘拐事件は約10年間にわたり行われていたが、公安9課によってそのオペレーションは阻止された。

南洋マフィアは、『攻殻機動隊』の世界観全体で言及される多数の犯罪組織の一つである。記録上では名前にすぎず、組織構造や影響範囲、取引内容がほとんど文章化されていない裏社会のシンジケートの一つとして残っている。

ひまわりの会は、国家や巨大企業に対して法的措置を講じる一般市民を支援する非営利の擁護団体である。同団体による最も顕著な闘いは、村井ワクチンと、その投与対象者を巡る秘匿性を対象としたものである。

海坊主は、日本海上自衛隊の非公式な特殊工作部隊（ブラック・オペレーション部門）として機能する秘匿された海上特殊部隊である。日本の妖怪に由来する名を戴き、公式には存在しないとされているが、苛烈な強襲や精密な狙撃によるその悪名は裏社会にまで響き渡っている。

陸軍501機関は、『攻殻機動隊 ARISE』に大きく登場する陸上自衛隊の秘密精鋭部門である。草薙素子は戦時中に同機関で昇進を重ね、その後に公安9課の設立を支援するために離脱した。

『攻殻機動隊』の世界線において、国際連合は第二次世界大戦後に世界平和を守るために設立された主要な国際機関として存続している。物語の近未来までに、同機関は主要な軍事支援国の一つへと成長した日本に大きく依存するようになっている。

ヤクザは、日本の組織犯罪ネットワークを指す総称であり、単一の構成員からシンジケート全体までを指し示す柔軟な言葉である。社会に公然と根を下ろすこれらの組織は、合法的な事業と違法行為を融合させ、全身に施された刺青や厳格な掟で知られている。