あなたは何も分かっていない

第2部は都の陥落から7年後、ロシウのナレーションで幕を開ける。テッペリンの跡地にカミナシティが建設され、ココ爺は密かに獣人であることが発覚し、螺旋力の真の正体やロージェノムがなぜ人類を地下に閉じ込めたのかという深い疑問は未解決のままだった。見えざるどこかで、カウンターの数字が刻まれていく。

シモンは現在総司令を務めているが、補佐官のロシウが次々と積み上げる書類に埋もれる日々を送っていた。ニアが昼食を差し入れに訪れた後、キタン、ダヤッカ、アイラック、キッド、ゾーシィ、ジョーガン、バリンボーが出席する評議会が開かれ、リーロンが探査ロケットが1日以内に月に到達すると報告する。しかし、ジョーガンが自らの担当する人口調査を把握できていないことが判明して場がしらけ、ロシウは一同を叱責し、市民局の権限を手に入れる。旧メンバーたちはその後、シモンの故郷の元村長が派手な新富裕層として営むレストランで、ブタモグラのステーキをつつきながらロシウへの不満を漏らすのだった。

ニアは、ダヤッカと結婚して妊娠中のキヨウに、シモンからプロポーズされたものの言葉の混乱から断ってしまったと打ち明ける。言葉ではなく気持ちで答えるべきだというキヨウのアドバイスを受け、ニアは電話で嬉しそうに承諾する。シモンはカミナ像の前でその電話を受け、昔ヨーコが街を去った時のことを思い出す。だがその瞬間、ヴィラルがグラパール隊と戦闘中だという報せが入る。隊長のギミーとダリーが彼を撃破して捕らえた。ヴィラルは意思に反して地上へ引きずり出された地下住民を守っていたのだと主張し、シモンがロージェノムと同じ道を歩んでいると非難するが、ロシウはその弁明を退ける。強引な移住政策に疑問を呈し、100万人目の人類がどうなるのかを尋ねるシモンに、ロシウは「あなたは何も分かっていない」と呟く。

研究所では、ギンブレがバイオコンピュータの起動成功を報告し、シモンや評議会が軟弱化する中で政府を維持しているのはロシウだけだとお世辞を言う。キノンや研究者たちは彼に敬礼する。その夜、病院のニアから電話が入る。キヨウが女の子アンを出産したのだ。月の内部で、隠されたカウンターが100万に達する。街の上空にポータルが開き、顔のない機械が市街地にエネルギービームを降り注ぐ。電話が切れ、発光する赤い回路パターンがニアの体に這い回り、彼女は悲鳴を上げる。後にキアルが見つけたのは落ちていた電話だけだった。

銃弾や刃は侵入者のバリアの前に無力で、グラパール隊はギミーとダリーを残して壊滅状態となる。かつてのガンメンは螺旋王の遺物として数年前に廃棄されており使用できなかった。ダリーを狙ったビームをドリルが受け止める。シモンがロシウの命令を無視してグレンラガンで出撃したのだ。街の安全を守ることが自分の職務より優先され、あのコックピットこそが自分らしくいられる唯一の場所だと答える。彼はギガドリルブレイクで機械を撃破するが、その発光する破片が周囲の区画で爆発し、ロシウはシモンが無謀な攻撃をしたと冷ややかに指摘する。その時、ニアのホログラム映像が空いっぱいに広がり、アンチスパイラルに代わって、人類が螺旋力危険レベル2に達したこと、そして人類全滅システムが起動したことを宣言するのだった。

タイムスリップ（7年後）の開幕。テッペリンの跡地にカミナシティがそびえ立ち、シモンが総司令、ロシウが最高補佐官を務め、かつての仲間たちが評議会を固める。

シモンがニアにプロポーズし、当初の混乱を経てニアが承諾する。キヨウとダヤッカの結婚が明かされ、生まれたばかりの娘アンが地上100万人目の人類となる。

ギミーとダリー率いるグラパール隊が初登場し、エンキドゥドゥを完全に無力化してヴィラルを逮捕する。

最初の無顔（ムガン）が飛来して襲撃し、その臨終の爆発で街の一部が破壊される。ニアがアンチスパイラルに憑依され、人類全滅システムが起動する。

本話以降、英語版吹替のニア役は個人上の事情で降板したヒンデン・ウォルチに代わり、ブリジット・ホフマンが担当している。

情報量の多い冒頭パートでは、ココ爺が獣人であることが明かされるほか、ギンブレやシベーラが初登場する。

日本で2007年7月22日に、英語圏で2008年10月6日に初放送された。