ヴィラン台頭編

「ヴィラン台頭編」は、前章の決戦の結末であるオールマイトの引退とオール・フォー・ワンの投獄がもたらした余波を描く。単行本第12巻から第31巻、第98話から第306話にわたる9つのストーリーアークをまとめ、アニメの第51話から第131話で映像化された。

「雄英初期編」が生徒たちのヒーローへの成長を描いていたのに対し、本章は支柱を失った社会の姿を描き出す。ヴィランたちが組織化し、大衆の不安が高まる中、頂点のランキングはかつてのような意味を持たなくなる。

神野の悪夢の後、雄英高校は生徒の保護と内通者の監視を目的として全寮制へと移行する。1年A組の生徒たちは寮生活を始め、ヒーロー仮免許取得試験に臨むが、爆豪勝己と轟焦凍以外の全員が合格する。その後、爆豪は出久の「個性」の真実を見抜き彼に勝負を挑み、戦いの後にオールマイトから直接「ワン・フォー・オール」の秘密が明かされる。

仮免許を得たことで校外ヒーロー活動（インターン）への道が開ける。出久はオールマイトの元相棒であるサー・ナイトアイに弟子入りするが、ナイトアイは出久を不適格な後継者と見なしていた。一方、死穢八斎會の治崎廻は壊理という少女から「個性」破壊弾を作り出し、極道の再興を目論む。プロヒーローと生徒たちによる合同家宅捜索で壊理は救出され治崎は倒されるが、ナイトアイは命を落とす。爆豪と轟は仮免許の補講を受ける一方、轟炎司（エンデヴァー）は1位という立場と自らが傷つけた家族に向き合い苦悩する。

1年A組はみんなの士気を高めるため文化祭を開催し、出久は開演前に犯罪者のジェントル・クリミナルとラブラバの計画を阻止する。新たなヒーロービルボードチャートJPで1位となったエンデヴァーは、激闘の末にハイエンド脳無を撃破してその実力を証明し、ホークスはヒーロー公安委員会の命を受けて敵連合へ密かに潜入する。合同訓練の最中、出久は突然「黒鞭」を発現させ、さらに5つの「個性」が覚醒することを知る。

その頃、敵連合はオール・フォー・ワンの側近であるドクター・氏子達磨とギガントマキアによる試練を受けていた。異能解放軍によって泥花市へ呼び出され壊滅を迫られた際、死柄木弔は自らの過去の記憶を取り戻して街を崩壊させ、リ・デストロを降伏させる。二大勢力は結合して「超常解放戦線」となり、死柄木は至高の力を得るための手術に入る。ホークスがその居場所を突き止め、全国のほぼすべてのヒーローと生徒が超常解放戦線への総力戦に投じられる。

全面戦争は惨憺たる結果となる。死柄木は師の「個性」を宿して早期覚醒し、一時的に身体を乗っ取ったオール・フォー・ワンは「ワン・フォー・オール」の奪取に失敗する。荼毘は自らが轟燈矢であることを暴露して父親への世論を悪化させ、ヴィランたちは撤退してタルタロスを襲撃、オール・フォー・ワンの本体を解放する。

街は廃墟と化し、脱獄囚が横行し、市民は自衛のために武器を取るか逃亡し、ヒーローへの信頼は失墜する。エンデヴァーは家族と和解し、全員で燈矢の問題に立ち向かうことを決意する。出久は「ワン・フォー・オール」のさらなる真実を知り、死柄木を単に倒すのではなく救いたいと考えるようになる。オール・フォー・ワンが野に放たれ、「ワン・フォー・オール」の名が公になりつつある中、出久はクラスメイトを危険に巻き込まないため雄英を去るのだった。