木ノ葉崩し編

第一部を舞台とするこの編は、木ノ葉隠れの里を壊滅させようとする大蛇丸の試みを描いている。単行本の第13巻から第16巻、第116話から第138話、そして初代『NARUTO -ナルト-』アニメの第68話から第80話にわたって展開される。中忍試験の後に続き、綱手探索の前に位置する。物語は二つの戦いが支配している。闘技場の頂上での三代目火影対大蛇丸と、周囲の森でのナルト対我愛羅である。

巨大な蛇の背後から砂と音の兵力が里に雪崩れ込む中、四代目風影を装った大蛇丸は三代目火影を人質に取り、二人を結界の中に閉じ込める。変装を解いた大蛇丸は、初代と二代目の火影を穢土転生で蘇らせて、かつての後継者と戦わせる。蘇った死者に対して通常の攻撃が無意味であることを悟ったヒルゼンは、屍鬼封尽の術に訴え、先代たちの魂を抜き取り、その後大蛇丸を捕らえる。彼は教え子の魂を完全に引き出すことはできないが、大蛇丸の腕を封印して彼から永遠に術を奪い、侵略が崩壊する中、笑顔で息絶える。

森の中では、サスケが我愛羅、カンクロウ、テマリを追い、シカマル、ナルト、サクラ、パックンがそれに続く。シカマルはアスマが到着するまで音の忍の部隊を食い止め、シノはカンクロウを迎撃する。我愛羅の怪物的な変身は疲労したサスケを圧倒し、ナルトが介入して、ガマ吉と増え続ける影分身の軍団を使って彼を消耗させる。我愛羅が完全な守鶴になると、ナルトはガマブン太を口寄せし、九尾の力を引き出して決定的な頭突きを見舞い、獣を終わらせて彼らの決闘に決着をつける。

ナルトは打ち負かしたライバルを傷つけるのではなく、自分もかつて孤独の痛みを知っていたが、自分に目的を与えてくれる人々を見つけたと我愛羅に伝え、我愛羅の心境の変化の種を植え付ける。砂の兄弟は初めて彼らに謝罪する弟と共に撤退し、音と砂の部隊は里から逃亡する。木ノ葉は哀悼のために集まり、数日後、三代目火影の葬儀で、里の忍たちは彼の犠牲を決して忘れないと誓う。