自来也豪傑物語

アニメでは「師の予言と復讐」と題されたこの第二部の編は、ペインに対する自来也の調査の記録である。単行本の第40巻から第42巻、漫画の第368話から第383話、そして『NARUTO -ナルト- 疾風伝』のアニメの第127話から第133話にわたって展開される。「イタチ追跡編」がこれに先行し、「運命の兄弟対決編」が次に続く。

自来也は綱手に、最も可能性の高い発信源である雨隠れの里で暁に関する情報を集めるつもりだと告げる。彼は内部に忍び込むが、ほぼ同時にペインに探知される。地元民に尋問し、彼は彼らの新しい支配者が、里の元支配者である半蔵を単独で打ち倒したことを知る。危険を察知した自来也は、木ノ葉への過去の九尾の襲撃の背後にうちはマダラがいると疑い、自分が戻れなかった場合に備えて、ナルトの封印の鍵をガマ寅に少年の体内に隠させる。

小南が最初に攻撃を仕掛け、彼女と互角に戦った後、自来也は彼女、弥彦、長門との自身の歴史を語る。その後ペインが到着し、国全体を平らげることのできる兵器を作り出し、世界を恐怖させて恒久的な平和をもたらすという暁の目的を説明する。敵の規模を把握した自来也は結界を張り、蝦蟇の二大仙人であるフカサクとシマの助けを借りて仙人モードに入る。三人は協力して、強力な幻術で三体のペインの体を打ち砕く。

残りのペインが収束し、その一人が自来也の腕を切断する。死体を調べ、彼はすべての体がかつての教え子である弥彦を含む、彼が知っていた忍のものであったという恐ろしい真実を暴く。発見を伝える前に彼の喉は潰され、ペイン六道は一斉に彼を串刺しにする。

純粋な意志で命にすがりつきながら、自来也はナルトが自らの道を選ばなければならない予言の子であると決意し、フカサクの背中に暗号化されたメッセージを書き殴る。最後の一撃で彼は水中に漂い、沈みゆく中、彼は自身の次の本のタイトルを『うずまきナルト物語』に決め、心地よい響きだと判断する。フカサクは重要な手がかりと共に脱出し、一方ペインは敵が死んだと結論づける。