JCC潜入編

これは『SAKAMOTO DAYS』シリーズの第5のストーリー長編であり、第73話から第104話（単行本9巻から12巻）に及び、アニメ版では第22話から描かれている。JCCへの入学を果たした坂本とシンは、学園の秘密データベースに到達するため密かに行動するが、陰からスラーが同じ獲物を追っていることは知らなかった。

合格点に達していたものの懸賞金がかかっていたことで坂本が正規入学を拒否されると、南雲は坂本に妻・葵の変装をして教師として潜入することを提案し、トップ成績のシンが生徒として入学する。二人は学園内で伝説のデータベースを捜索する中、シンの心読を遮断するフードを被った奇天烈な武器制作者・勢羽夏生と出会い、彼が真冬の兄であることを知る。一方、新入生の周は三節棍を駆使して坂本と交戦し、坂本はその技術が追放された殺し屋・四ツ村のものであることを見抜く。

シンは「データベース」が機械ではなくベテラン用務員の平堂という人物であり、彼を見つける鍵を主任教官の佐藤田が握っていることを突き止める。その頃、周を催眠と洗脳で操って学園の防御を破壊させたスラーの一味が急接近する。周がセキュリティシステムを停止させると、京とクラブ・ジャムが襲撃を主導し、クラブ・ジャムの集団催眠によって生徒たちが兵器化される。

京が佐藤田を斬り倒し、悲しむ晶にリオンを殺したのがスラーであることを告げたことで、襲撃は苛烈さを増す。坂本は変装を解いて痩せ型に戻り京と交戦し、シン、夏生、解放された周はクラブ・ジャムを圧倒する。学園から離れた場所では神々廻が四ツ村を追い詰め、その決闘の中で四ツ村の妻・篠の裏切りと彼が冤罪を着せられた悲劇が紐解かれていく。

本編では多くの新キャラクターが複雑に絡み合う。クラブ・ジャム、周、平堂、佐藤田、そして悲劇の四ツ村が初登場し、彼らの絆が深く描かれる。四ツ村は元ORDERにして神々廻の師、周はその息子、平堂は生きたデータベースであり周の祖父であることが判明する。神々廻は四ツ村を破って川へ投げ捨てるが、南雲が彼を引き上げて配下に加える。またシンは夏生が製作した時動式グローブを手に入れる。

騒動の終結後、死者の埋葬と修復のため学園は数日間にわたり閉鎖され、多くの生徒が×への崇拝を捨てた。平堂は主謀者の本名が有月であることを明かし、二重人格の仮説を提示したことで、シンが以前彼と遭遇した際の記憶が再構築される。京はORDERから追放され、晶はリオンの仇を討つためスラーの殺害を誓って彼に同行する。有月の組織はORDERとの戦いを継続すべく再集結し、坂本太郎の過去編へと繋がっていく。