坂本太郎過去編

約16話にわたる本編は、JCC潜入編から直接続く形で、かつての坂本の姿を最も詳細に描いている。物語の枠組みは日常的な場面から始まる。自宅に戻り海外への旅の準備を進める中、シンは師の隠された過去について詳しく知ろうとし、今がその時期かどうかを巡って2人は議論になる。そこから物語は過去へと遡り、坂本のその後の人生を決定づける人物たちと初めて出会うことになった任務を辿っていく。

回想シーンは、いわゆる「鋼鉄の龍（スチールドラゴン）」の討伐任務を中心に展開するが、その標的の正体は変装したキンダカであった。坂本は南雲、赤尾リオン、有月と共にこの任務に挑み、4人はキンダカと衝突した後に力を合わせ、殺し屋の樋口や小林といったより強大な敵に立ち向かう。これらの戦いを通じて、坂本の全盛期を形作った絆やライバル関係が描かれ、最終的には有月との直接対決へと至る。アクションの合間には、南雲の血筋から殺し屋界を裏で操る人物たちの真の立場に至るまで、周囲の人物に関する真実が明かされていく。

この編により、シリーズの過去の背景設定が大きく塗り替えられる。キンダカは四ツ村と共にORDERの2人の創設者のひとりであることが明かされ、天羽創一が殺連のトップとして登場する。最大の展開は有月に関するもので、彼の兄である麻生が会長的存在であることが発覚し、有月自身もその兄のために動くスパイであったことが明かされる。一方、南雲はスパイの家系出身であることが判明する。任務後に有月と赤尾が姿を消すと、その失踪こそが坂本と南雲が最終的にORDERに加入する最大の理由となる。現代の物語では、周と眞霜平助が坂本やシンと共にバンコクへ同行することを決意する。