編

遊園地編は『SAKAMOTO DAYS』の最初のストーリー長編であり、漫画の最初期の数話およびアニメの冒頭エピソードをカバーしている。引退した伝説の殺し屋・坂本太郎とその家族を紹介し、かつての相棒・シンとの再会、そして10億円の懸賞金が動き出す様を描く。

世紀の殺し屋展編は『SAKAMOTO DAYS』の第8のストーリー長編であり、単行本15巻から19巻の中盤にかけて描かれた。バンコク訪問後、坂本たちは大規模な殺し屋アート展を爆破して殺連会長を暗殺しようとする有月の陰謀を阻止すべく奔走する。

バンコク編は、『SAKAMOTO DAYS』の第7のストーリーアークであり、短編形式で描かれる。坂本とその仲間たちはX（スラー）の組織の本拠地があるバンコクへと向かい、その裏でスラーは次の計画段階に必要な戦力を静かに集めていく。

死刑囚編は、『SAKAMOTO DAYS』の第3のストーリーアークである。黒幕であるX（スラー）は死刑囚の殺し屋たちを脱獄させ、坂本とその仲間、そしてORDERのメンバーを含む標的リストへと解き放つが、それはすべてより巨大な陰謀を隠すための囮であった。

殺連監獄編は『SAKAMOTO DAYS』の第9のストーリー長編である。展覧会襲撃後に危険ターゲットに指名された坂本、南雲、有月は再編されたORDERに備え、坂本一派は有利に立つべく占い師を求めて殺連の刑務所へ潜入する。

JCC潜入編は『SAKAMOTO DAYS』の第5のストーリー長編である。殺し屋養成所に合格した坂本とシンは、JCCの極秘データベースを探るため潜入を開始するが、同じ秘密をスラーの組織が狙っていることには気づいていなかった。

JCC編入試験編は、『SAKAMOTO DAYS』の第4のストーリーアークである。スラーに関する情報を集めるため、坂本とシンは一般の受験生を装って殺し屋養成所（JCC）の編入試験を受け、危険な新人受験生たちの渦中へと飛び込んでいく。

ラボ編は本作の第2の主要長編であり、シンを狙った襲撃の最中にルーが誤って連れ去られたことで幕を開ける。救出作戦により、坂本とシンはシンの能力の原点となった幼少期の実験施設へと引きずり込まれていく。

新殺連編は本作の第10の長編であり、現時点で最も長いストーリーラインとして連載中である。有月は一般市民に殺し合いをさせることで殺し屋業界を塗り替える計画にORDERを引き込み、坂本と仲間たちは広がる暴力を抑え込もうと奔走する。

本作の第6のストーリーライン。JCCでの任務を終えて帰宅した坂本とシンがバンコクへの旅行の準備を始めるところから物語は始まる。自身の過去をどこまで明かすかを巡る喧嘩をきっかけに、坂本が現役の殺し屋として活動していた数年間の長い回想へと入っていく。