ラボ編

約16話にわたって展開される本編は、序盤の軽快な展開を超え、シンのルーツが初めて明かされる領域へと突入する。×（スラー）と呼ばれる男が率いる敵対組織の幹部・鹿島に指示された部隊が坂本商店から人質を奪い、美術館の地下に隠された研究施設へと連れ去る。一見単純な救出劇として始まった戦いは階層を降りる激闘へと発展し、ORDERの精鋭殺し屋たちが登場するとともに、物語の宿敵の姿が初めて読者に提示される。

導入部はコメディ調で進む。坂本は花の小学校入学用に限定ランドセルを買うためシンとデパートを訪れ、そこで出会ったスナイパーの平助と愛鳥のピー助を遠ざける。その後、二人は近所のサバイバルゲーム大会で平助と再会して共闘し、彼が探していたターゲット写真が古い写真だったことを知らせて和解し、ライバルから友人関係へと変化する。

しかし、坂本が花を学校へ送っている間に防護服を着た部隊が店舗を襲撃し、空気が一変する。シンの名札がついたエプロンを着ていたルーが身代わりに連れ去られ、襲撃者は彼女にシンを愚弄されたことで反撃を受けて初めて間違いに気づく。荒らされた店に戻ったシンは秘められた過去を坂本に明かし、坂本は名札に仕込んだ発信機の存在を提示する。二人は追跡の末、秘密ラボの真上に位置する奥旅科学館に到達する。平助もピー助の追跡能力を利用し、心配した花を連れて後を追う。

館内で動く恐竜展示を退けた坂本とシンは地下へと降下し、捕らわれていた研究員から、数日前に鹿島らに施設が占拠され、B1からB5の各階層にボスが配置されていることを知る。地下深くでは、ルーがシンの能力の恩恵を与えた科学者でありラボの責任者・朝倉と共に監禁されていた。一方、別ルートで潜入したORDERの神々廻と大佛も独自の目的で動き、大佛は鹿島の階層守護者を瞬く間に撃破する。自ら全身兵器へと改造した鹿島は前腕の刃や口内のレーザー発射口を駆使して立ち塞がるが、神々廻の反撃から立ち直った直後、天井を突き破って落下してきた坂本に押し潰される。

地下階層では並行して死闘が繰り広げられる。シンは平助の協力を得て、血と水を浴びせることで透明化する殺し屋・勢羽の姿を暴き勝利する。痩せ型へと変身した坂本は地下搬送用トレインの上で鹿島を追い詰め、盾にされた一般人を守りながら改造殺し屋を打ち倒す。施設が崩壊する中、シンは心読能力を駆使して取り残されたスタッフを捜索・避難させる。脱出の過程で、シンは二つの異なる声を察知しながらも、目の前を通り過ぎ坂本への伝言を残して消え去る×（スラー）の単一の姿を目撃する。

本編はシリーズの今後の展開を決定づける複数の伏線を提示する。神々廻と大佛がORDERの刺客として初登場し、×はどんでん会を裏で潰しながら不気味な存在感を示した。平助とピー助が正式に仲間に加わり、勢羽と鹿島は敵グループの主要メンバーとして定着する。何よりシンの実験体としての過去が明かされ、一人の中に二人分の人格を感じ取った×との接触は、後に物語の中核となる敵の解離性同一性障害を予兆させるものとなった。