Misi Penumpasan Akatsuki

Sebuah arc Part II, yang diberi judul ulang Immortal Devastators, Hidan and Kakuzu untuk anime, bagian cerita ini mempertemukan Konoha melawan duo Akatsuki Hidan dan Kakuzu. Arc ini berjalan melalui volume 35 hingga 38, mencakup bab manga 311 hingga 342 dan episode 72 hingga 88 dari Naruto: Shippūden. Dalam versi cetak arc ini berada di antara Misi Pengintaian Jembatan Tenchi dan Misi Pengejaran Itachi, sementara anime menempatkannya setelah Twelve Guardian Ninja dan sebelum Kemunculan Ekor Tiga.

Kedua buronan itu memburu Yugito Nii, jinchūriki Ekor Dua, dan mengalahkannya meskipun ia telah bertransformasi penuh. Setelah Zetsu membawanya pergi, pasangan itu menerobos ke Land of Fire dan membunuh biksu kuil Chiriku untuk mengumpulkan buruannya. Seorang biksu yang selamat memberi peringatan kepada Tsunade, yang mengerahkan Nijū Shōtai yang baru dibentuk, di antaranya Asuma berangkat bersama Shikamaru, Kotetsu, dan Izumo. Sementara itu Kakashi mulai melatih Naruto dengan metode dipercepat yang dibangun di atas Multiple Shadow Clone Technique, karena setiap klon mengembalikan pengalamannya kepada yang asli. Naruto menemukan bahwa ia memiliki afinitas angin dan, dibimbing sebagian oleh nasihat pisau parit Asuma, berupaya menggabungkan transformasi sifat dan bentuk menjadi sebuah jutsu yang bahkan Hokage Keempat tidak pernah selesaikan.

Di stasiun bounty Asuma menghadapi Hidan dan mengetahui bahwa ia tidak dapat dibunuh dengan luka biasa. Hidan mencicipi darahnya, melangkah ke dalam lingkaran ritual, dan berubah menjadi wujud penuai bertulang yang mencerminkan setiap luka yang ia timbulkan pada dirinya sendiri kepada korbannya. Shikamaru mengurai trik tersebut dan berusaha menyeretnya keluar dari lingkaran, namun Hidan menyelinap kembali dan memberikan pukulan mematikan pada dirinya sendiri. Bala bantuan mencerai-beraikan musuh dan pemimpin Akatsuki memanggil kembali pasangan itu, tetapi luka Asuma terbukti fatal. Ia menyampaikan kata-kata perpisahan kepada murid-muridnya sebelum meninggal, meninggalkan Shikamaru untuk meneruskan rokok dan pisau parit mentornya.

Dengan Team 10 yang dibentuk kembali di bawah komando sementara Kakashi, para shinobi melacak kembali para pembunuh itu. Kakashi menusuk jantung Kakuzu, hanya untuk menemukan bahwa ia menjaga lima jantung secara total, masing-masing memberikan serangan elemen yang berbeda. Shikamaru memancing Hidan ke tanah klannya, menguburnya di bawah lubang yang telah dijebak dan tanah yang runtuh, lalu mengucapkan selamat tinggal terakhir kepada gurunya. Naruto dan Yamato tiba untuk menumpulkan serangan Kakuzu, dan Naruto memperlihatkan Wind Release: Rasenshuriken yang telah selesai, memaksa Kakuzu menghabiskan dua jantung untuk bertahan sebelum Kakashi menghabisinya. Kembali di rumah, Kurenai yang sedang hamil mengunjungi makam Asuma bersama Shikamaru, yang kemudian merenung di atas papan shōgi bahwa bidak raja yang sebenarnya adalah generasi berikutnya Konoha.