Assalto al Quartier Generale del Sud

Nei Bassifondi del Sud, l'ex ufficiale disonorato Yoki, ridotto a vivere lì dopo che Ed lo ha fatto congedare, osserva l'arrivo di rifugiati ishvaliani, e il maestro di Scar viene rassicurato che saranno al sicuro tra gli altri emarginati. Yoki riconosce tuttavia Scar e fa una telefonata. A Dublith, il ragazzo sfugge a Ed attraverso un muro, e prima che Ed possa seguirlo, un uomo simile a una lucertola di nome Bido si avvicina, citando l'interesse di Ed per la Pietra Filosofale.

Al negozio di Sig, le domande di Archer sugli Elric e su Izumi ottengono solo risposte da macellaio, mentre Winry e Mason osservano. Armstrong e Sig flettono le loro massicce corporature, allarmando gli astanti, ma i due si limitano a stringersi la mano in segno di reciproco rispetto. Bido spiega che Tucker gli ha detto tutto e si offre di portare i fratelli da qualche parte, poi sguscia via mentre arrivano Archer e Armstrong; Archer lo riconosce come una chimera fuggita dal Laboratorio 5. Armstrong tace sulla morte di Hughes quando Al chiede di lui.

I fratelli rintracciano il ragazzo su un tetto, confermando in silenzio che il suo braccio e la sua gamba sono davvero quelli di Ed. Archer, notando un marchio di Ouroboros sul piede del ragazzo, fa abbattere e legare il ragazzo da Armstrong, poi spiega che stanno portando l'homunculus a South City per interrogarlo, liquidando il racconto di Ed sugli arti come assurdo. Sloth telefona a Yoki per confermare che catturare Scar gli farà riottenere il suo incarico. Bido riferisce la cattura del ragazzo al Devil's Nest, e Greed, desideroso di reclutarlo prima che possano farlo gli altri homunculus, invia Kimbley nella base tenendo indietro Dolcetto.

Izumi ritorna infuriata, e quando Al la incalza sul ragazzo, lei tossisce di nuovo sangue e Sig la porta di corsa in ospedale, dove i medici scoprono che le mancano diversi organi, indizio che un tempo ha tentato la trasmutazione umana. Lei e Sig poi svaniscono, essendo andati ad assaltare il Comando del Sud. Mentre Izumi si fa strada tra i soldati per liberare il ragazzo, Sig racconta a Winry come Izumi, anni prima, perse il figlio nato morto e poi i suoi organi e la fertilità cercando di riportarlo in vita. Kimbley apre un varco nel muro per sé e Bido, e lo scontro diventa una situazione di stallo a quattro quando arriva una figura che sembra essere il Führer Bradley, in realtà Envy travestito, mentre il vero Bradley invia l'Unità di Mustang contro Scar. Nei bassifondi, Scar nota un ishvaliano esiliato la cui tenda reca un simbolo corrispondente al suo tatuaggio.

L'episodio adatta i capitoli Master and Apprentice, To Meet the Master e A Fool's Courage. Greed menziona qui per la prima volta l'homunculus Pride, sebbene quell'identità rimanga nascosta per altri dieci episodi.

La scena di flessione muscolare tra Armstrong e Sig proviene da A Fool's Courage, ma l'anime inserisce l'esclusivo della serie Frank Archer come compagno di Armstrong al posto del Führer, che nel manga indossa abiti da vacanza invece dell'uniforme.