完結編（後編）

エレンの始祖の巨人に対する強襲はほぼ即座に難航する。一行が破壊した獣の巨人は空っぽの殻であることが判明し、アルミンが変身する前に、伸縮自在の舌を持つ巨人が彼に猿轡を噛ませて呑み込み、連れ去ってしまう。その間、始祖の背骨からは過去の「九つの巨人」の継承者たちの灰色をした複製品が溢れ出す。ピークは飛行艇の爆薬を始祖の首に巻き付けるが、戦鎚の巨人の複製品に車力の巨人を貫かれて起爆装置を失い、復活したベルトルトの超大型巨人がライナーの鎧の巨人の首を噛みちぎる。救援は翼に乗って現れる。飛行能力を得たファルコの顎の巨人が、アニとガビを乗せて到着したのだ。

「道」の中で、アルミンは諦観し生命を無意味な繁殖と哲学的に語るジークを見つける。アルミンは落ち葉一枚と友達と丘を駆け上がった記憶を持ち出し、無意味と思える瞬間こそが貴重なのだと反論する。ジークの目にはその葉が白球に見え、トム・クサヴァーとキャッチボールをした午後が思い返される。心を動かされたジークは過去の継承者たちの魂を呼び覚まし、彼らの巨人は戦場でユミルの力に立ち向かう。その後、ジークは外に姿を現してリヴァイに自らの首を刎ねさせ、「地鳴らし」の壁の巨人を停止させる。ジャンが爆薬を起爆して始祖の首を吹き飛ばすが、切断面から発光するムカデ状の生物が這い出し、エレンとの再結合を図る。アルミンの変身がそれを呑み込むが、エレンは超大型サイズの始祖の巨人として再び立ちはだかり、生物の吐き出したモヤがジャンやコニー、スラトア要塞のエルディア人難民たちを巨人に変えてしまう。

巨人化した群れと生物がライナー、アニ、ピークを追い詰める中、ミカサはエレンと決して送ることのなかった人生の幻影、彼が死んだらマフラーを捨ててほしいと頼む静かな山小屋の暮らしへと引き込まれる。しかし彼女は彼を忘れることを拒む。彼女に導かれたリヴァイがエレンの巨人の口を爆破して開き、ミカサはその内部でエレンの首を刎ね、ユミルが見守る中で別れのキスを交わす。「道」の中で記憶が戻った会話により、アルミンの前でエレンの計画の全貌が明かされる。地鳴らしで人類の8割を死滅させ、仲間たちを英雄に仕立て上げ、ミカサには永遠に自分を想い続けてほしかったという彼の本音が語られていた。巨人の力は消滅し、すべてのエルディア人は人間へと戻る。3年後、かつての敵同士は和平大使としてパラディ島へと航海し、ミカサは木の下にあるエレンの墓で寄り添い続ける。

ユミルの勢力はアルミンを捕らえ、ベルトルトの超大型巨人やラーラ・タイバーの戦鎚の巨人を含む歴代の「九つの巨人」の複製品を投入する。ファルコの空飛ぶ顎の巨人が戦況を一変させ、ジークは「道」でアルミンと対話したのちリヴァイの手による死を選ぶ。そして切断された始祖の巨人から、有機生命の起源とされるムカデ状の生物が放出される。そのモヤによりジャン、コニー、スラトア要塞の難民たちが無垢の巨人へと変貌する。

ミカサはエレンの巨人の口内で彼を討ち取り、彼が見た未来を成就させ、フリッツ王への愛に束縛されていた始祖ユミルを解放する。巨人の力は世界から消滅し、姿を変えられていたすべてのエルディア人が元に戻る。エピローグは数十年間に及ぶ。未来は皆の選択に委ねられているというヒストリアの信念、大使たちの帰還の航海、ミカサの生涯と埋葬、そして遥かな未来、少年と一匹の犬がエレンの木の根元にある空洞を見つける場面で締めくくられる。

MAPPAによる90分のスペシャルがアニメの完結編となり、林祐一郎と五十嵐祐貴が監督を務め、瀬古浩司が脚本を担当した。原作漫画の「絶望の淵に」「天と地の戦い」「心臓を捧げよ」「巨人」「長い夢」「あの丘の木に向かって」のエピソードを映像化している。日本では2023年11月5日に放送され、トゥーナミでは2024年1月6日に『THE FINAL CHAPTERS Part 2』として放送され、エンディングテーマには『二千年... もしくは... 二万年後の君へ...』が使用された。

諫山創はアニメスタッフに対し、エレンとアルミンの「道」での会話の終盤部分に関する修正案を自ら提供した。「地鳴らし」からの避難中に泣き声が聞こえる赤ちゃんは、ノンクレジットながらエレン役の声優・梶裕貴の生まれたばかりの息子が声を担当した。着色ミスによりリコ・ブレツェンスカの髪が金髪、目が茶色になっていたが、Blu-ray版で修正された。日本の配信プラットフォームでは、後にこのスペシャルが第91話から第94話として分割配信された。