真希波・マリ

マリは16歳で、作中の大半では長い髪を下ろしている。普段の装いはデニムのショートパンツに半袖シャツ、ショートブーツを合わせ、大学の道具を入れたバッグを携えている。冬月の研究室を訪れた際には、袖を肘の上まで捲り上げた白衣を羽織っている。物語の終わりには、ユイによって髪をおさげに結い直され、ユイ自身の眼鏡を譲り受けることで、『新劇場版』の同名キャラクターを髣髴とさせる姿が完成する。

マリは優秀な学生だが、京都大学で碇ユイが苦もなく自分を上回ったことで、自尊心に初めて大きな傷を負った。彼女の反応は敵意と執着が入り混じったものである。ユイのことが嫌いだと宣言し、彼女の眼鏡を盗み、ユイの新しい恋人の話になると怒って立ち去る一方で、名誉ある推薦の候補にはユイの方が相応しいと学部長にきっぱりと伝える。同僚には、これまで勝てない相手に出会ったことがなかっただけだろうと本質を見抜かれる。廊下でゲンドウとすれ違った際には頬を赤らめることさえある。ついに追い詰められた彼女は真実を認める。嫉妬心は本物であり、その裏にある愛着もまた本物なのだと。

番外編である「Extra Stage」の『夏色のエデン』は、1998年の京都大学形面上生物学研究第1研究所から始まる。マリは机の上で涎を垂らして寝ているユイを見つけ、意地悪心から彼女の眼鏡をポケットにしまい込む。その後、学部長からイギリスのセントフォード大学のアレックス教授のもとへの全額奨学金付きの留学を打診されるが、マリはユイの方が適任だと反論し、ユイはすでに政府系の研究機関に内定していることを知らされる。

同僚との飲み会の席で、ユイが六分儀ゲンドウとの出会いについて熱弁を振るうと、マリは荷物をひったくって腹を立てて席を立つ。その後、冬月の部屋に論文を届けに行くと、ユイが実験用ラットのカゴをひっくり返してしまっており、二人は逃げ出した動物を捕まえようと大慌てになる。混乱の中でマリのバッグが開いて盗んだ眼鏡が露出してしまう。彼女は憎しみ、嫉妬、そして抱きたくもなかった愛着など、すべての胸の内を告白する。ユイは彼女を座らせ、髪をおさげに結い、眼鏡をプレゼントして、女子高生みたいで可愛いと声をかける。マリは1か月以内にイギリスへ留学することを明かし、遠くからユイとゲンドウの幸せを祈ると約束する。

貞本は、このエピソードを発作的に描かれたファンサービスであると説明し、自身の関与がキャラクターデザインにとどまった漫画版のストーリーラインにも『新劇場版』シリーズにも属さないと強調して、正史から繰り返し除外している。また、第9巻に登場する似た人物やアスカの義理の妹とマリを結びつけるファン理論も退けており、1998年時点でマリがすでに16歳であるのに対し、義理の妹は2005年時点でも子供のままであるため、時系列上あり得ない関係であるとしている。