エヴァンゲリオン 試作ゼロ号機

NERVにおける本機の登録名はエヴァンゲリオン 試作ゼロ号機（Evangelion Proto Type-00）であり、新劇場版の世界観において最初に実用稼働へと漕ぎ着けた試作機である。装甲は山吹色を基調とし、部分的に白やグレーが配されている。前2作を通じて綾波レイがパイロットを務めた。

箱型のヘルメット部には目にあたる構造が存在せず、単眼の赤色単一センサーが視覚を担い、頭頂部には半透明の緑色ドームとスクリュー型の黄色パーツが備えられている。胴体装甲はV字型のパーツと可動式の2つの丸みを帯びたパーツで構成され、これらのディテールは後に初号機や正規実用型シリーズへと引き継がれた。初期形態では肩部ウェポンラック（パロン）は装着されていない。

第6使徒との戦闘で甚大な損害を受けたことで大幅な改修が施された。改修後の機体は試作ゼロ号機（改）（Proto Type-00' [Kai]）と表記され、山吹色のカラーリングを維持しつつも正規実用型と同等の装甲を採用し、肩部ウェポンラックとシンプルなV字型胸部装甲が追加された。標準的なエヴァ兵装、プログレッシブ・ナイフ、およびシールドとの互換性以外に独自の特殊システムは搭載していないが、改修形態のウェポンラックには理論上2本のナイフを格納可能であった（劇中で使用されることはなかった）。

第6使徒迎撃作戦（ヤシマ作戦）において、零号機は「試作単層型A.T.フィールド展開盾」を掲げて敵の加粒子砲を受け止め、初号機が試作型陽電子砲の照準を合わせるための時間を稼ぎ、引き換えに大破した。第1作『序』では、過去の暴走事故を伴う起動実験も描写されており、強制射出されたエントリープラグがレイを乗せたまま実験施設内に落下・激突した。

零号機（改）として改修された本機は、他の2機とともに第8使徒迎撃戦に参加した。ターゲットのコアが動き続けるため、レイは自らの両手でコアを固定し、アスカの2号機によるトドメの一撃をサポートした。コアの発する高熱により両腕が焼かれ損害率38.6パーセントを記録し、3機中2番目に大きな被害を受けて修復待機状態となった。

第10使徒襲来時、レイは半壊状態のまま無断出撃し、N2大型地雷を抱えて敵へと突撃した。ビースト形態の2号機の手助けによってA.T.フィールドを突破し、仲間を爆風から庇った後に自爆を試みた。しかし爆発によっても使徒は倒れず、焦げ付いた零号機を膝まで丸呑みにし、ヘルメットを吐き出した後、吸収した物質によって人型に近いシルエットへと変化した。後にAAA Wunder襲撃の際、シンジはMark.09を本機と見誤り、また『シン・エヴァンゲリオン劇場版』の撮影スタジオ状の精神世界においては、ゲンドウのガイウスの槍がすべてのエヴァンゲリオンを消滅させる前、両形態を着ぐるみ状にした姿が背景に配置されていた。

綾波レイが本機に搭乗した唯一のパイロットであり、失敗に終わった起動実験から第10使徒に対する捨身の攻撃に至るまで、劇中における本機の物語は彼女の存在と深く結びついている。本機はNERVに所属し、出撃のたびにシンジの初号機やアスカの2号機とともに戦った。テレビアニメ版と比較すると、前腕部や脚部に白やグレーが多く配されており、改修後も青色に変更されず黄色のカラーリングを維持している点など、テレビアニメ本編よりも1998年のコンセプトデザイン集に近い配色が採用されている。