NERV

ドイツ語の「神経」に由来する名を持つNERVは、セカンドインパクト後に使徒殲滅という公的な使命を掲げて設立された。エヴァンゲリオンの存在理由そのものである。ジオフロント内部に建設された巨大施設であるNERV本部の上に第3新東京市が位置し、海外にもドイツ、中国、アメリカなどに支部が置かれ、さらに多くの拠点の存在が窺える。

表向きは国際連合の管轄下にあるとされるが、国連自体が裏でSEELEに従属しているため、この体制は虚構に過ぎない。NERVが日々の業務の大半を独自に処理しているものの、実質的な主人であり最大の資金提供者はこの影の評議会である。NERVはその実体を前身組織であるゲヒルンから継承しており、人員、E計画、未完成のエヴァンゲリオン、そして本部運営を指揮し重要決断を下すとともに事実上日本を統治する3台のスーパーコンピュータ「マギ」がほぼそのまま引き継がれた。オリジナルのMAGI-01は本部に設置されており、多くの支部も独自のシステムを保有している。旧機関が研究を主目的としていたのに対し、NERVはその成果を兵器化し、使徒迎撃任務の裏でさらなる目的を追求している。すなわち、人類補完委員会と協力して「人類補完計画」を進めることであり、エヴァの運用や使徒の撃破も、この組織の真の存在理由とされる計画への前段階に過ぎない。

職員は多岐にわたる分野の科学者から技術者、エヴァの整備クルー、回収部隊、警備員まで多岐にわたり、全員が本部立ち入りのための標準身分証を所持している。予算削減の影響で警備部隊は組織的な襲撃に対する訓練や装備が不足しているが、立ち入り禁止区域内では侵入者に対する即時射殺権限を有している。ジオフロント派遣部隊はMP7サブマシンガンを装備し、特徴的な赤ベレー帽を着用する。本部警備隊はM9ベレッタ、防弾盾、重障壁を備え、鮮やかなマゼンタ色の袖章が標章となっている。回収部隊はMP5を携帯し、技術者は基本的に無武装であるが、機密ポストの要職者は個人用拳銃を所持している。

NERVの設立は、赤木ナオコの死とスーパーコンピュータ「マギ」の完成という2つの出来事を経て行われた。碇ゲンドウはSEELEの監視のもとゲヒルンの後継組織の指揮を執り、要員やプロジェクトはそのまま引き継がれ、新設された本部内でE計画が完成へと向かった。しかし最初のテストでトラブルが発生する。試作機である零号機はパイロットの綾波レイとのシンクロに成功するものの、制御を失って暴走し、赤木リツコに向かって襲いかかった。あらゆる手段が尽きた末、クルーは内蔵バッテリーが切れるのを待ち、射出されたエントリープラグが狭い室内へ激突したことでレイは重傷を負った。

直後、サキエルが第3新東京市に飛来する。軍事プロトコルに基づき戦略自衛隊（JSSDF）が最初に対応するが、N²地雷を含む通常兵器は一切通用せず、指揮権はNERVへと移行する。しかし稼働可能なエヴァンゲリオンは1機しかなく、適任のパイロットもいなかった。葛城ミサトは訓練を受けていない初号機候補者・碇シンジを連れ帰り、負傷したレイの姿を見たシンジはエントリープラグに乗り込む覚悟を決める。シンジはシンクロして初号機を歩行させるものの、直後に打ちのめされて気絶する。すると初号機は自発的に暴走を始め、使徒を打ち破った。周囲の被害は甚大であったものの、計画初の出撃は成功に終わった。本部の真上に留まり、発進直後の初号機を光線で撃ち落として掘削を開始したラミエルに対し、NERVはヤシマ作戦を展開する。戦略自衛隊の研究開発試作重陽電子砲を徴発し、日本全国の電力を集約して照準を合わせた。最初の射撃は使徒に反らされたが、レイの零号機がシールドを構えて再充電の間防御しシールドが蒸発するまで耐え、2発目の射撃が使徒のコアを貫いた。一方、日本重化学工業が開発した原子力・遠隔操作のライバルロボット「ジェットアローン（JA）」がエヴァンゲリオンの予算の脅威となった際、その公開デモ中に制御不能となりメルトダウン寸前へと陥った。初号機がJAを抑え込み、ミサトが乗り込んで手動停止を試みるも失敗したが、奇跡のように制御棒が再作動した。実際にはNERVがロボットをハッキングして始終完全に制御しており、競合他社の信用を失墜させて自らの予算を確保するための自作自演であった。

戦いが続く中、開発は継続され、とりわけNERV高層部のみが真実を知る人工パイロット「ダミーシステム」が導入された。アメリカでは4号機のS²機関実証実験によりネバダ支部がディラックの海に飲み込まれたため、代わりに3号機が日本へ輸送されたが、起動実験の瞬間に使徒バルディエルに侵食されてしまう。零号機と2号機が瞬く間に倒される中、乗っ取られたエヴァに乗っているのが同じ子供だと察したシンジは戦いを拒否する。そのためゲンドウはダミープラグを作動させ、バルディエルを惨殺し、パイロットの鈴原トウジに重傷を負わせた。怒ったシンジはパイロットを辞めるが、ゼルエルが本部内部まで侵入しダミープラグが機能しなくなったことで復帰する。彼は本部を救うものの初号機に取り込まれ消滅し、救出作戦が行われることとなった。その頃、加持リョウジはマルドゥック機関の真相を暴き、SEELEの尋問から冬月コウゾウを救出し、得た情報をミサトに託すが、NERVの追手に殺害される。SEELEは幕を引き、NERVをならず者組織と断定して本部を強襲、多くの職員が殺害された。アスカの乗る2号機はエヴァンゲリオン量産機に敗れ、人類補完計画とともにサードインパクトが始まるのであった。

最高指揮権は最高司令の碇ゲンドウが握り、副司令の冬月コウゾウがこれを補佐する。葛城ミサト少佐が作戦部を指揮し、赤木リツコが技術開発部を統括する。技術部はエヴァンゲリオンやマギの開発、整備、使徒の分析を担う科学部門であり、メカニックはオレンジ色のジャンプスーツ、研究員はカーキ色の制服、リツコ本人は白い白衣を着用している。極秘の二課を擁する情報部（諜報部）は、パイロットの監視、セキュリティ侵害の追跡、2日間の出奔後のシンジの連れ戻しなどを行う。広報部はカバーストーリー（隠蔽用の虚偽説明）を作成し、初期の使徒戦で鈴原サクラが負傷した際も怪我人の存在を否定していたが、執拗な襲撃と増大する被害により隠蔽工作は破綻した。

同機関のパイロットを務めるのは5人の子供たちである。零号機の綾波レイ、初号機の碇シンジ、2号機の惣流・アスカ・ラングレー、一時的に3号機に乗った鈴原トウジ、そしてアスカの後任として補充された渚カヲルである。オペレーター陣は日向マコト、伊吹マヤ、青葉シゲルの三尉（一尉）で構成され、加持リョウジが死に至るまで特殊監察官として所属していた。日本国外では、MAGI-04を擁するマサチューセッツのNERV第1支部が3号機を建造し、ネバダのNERV第2支部が4号機を建造したものの消滅した。ベルリンやハンブルクにあるドイツ施設は2号機および量産機5号機・6号機を生産し、北京とみられる中国支部はMAGI-06を保持し量産機8号機を建造した。NERVのスローガンはロバート・ブラウニングの詩『ピッパが通る』から引用されており、ロゴにあしらわれたイチジクの葉はアダムとイヴが身につけた腰覆いを想起させる。