第61話（2009年アニメ）

幼い兄弟が、太陽は男性を、月は女性を表し、ふたつを一つに統合することで完全なる存在、すなわち神が得られると本で読んだ記憶が回想される。現在、巨大化したお父様は神を地上へと引きずり下ろし、ホーエンハイムに似た若い身体で玉座に座り、神を呑み込んだと宣言する。マスタングは、アメストリスの人口が約5000万人であり、それがこれほど巨大な賢者の石の対価となったことに気づく。エドが攻撃を仕掛けると、お父様は錬金術を封じ、小さな太陽を創り出してトドメを刺そうとするが、異変を察知する。

ホーエンハイムは、長年にわたり国中に魂を配置し、この日を待っていた対抗策を明かす。お父様はそれほどの規模を覆う錬成陣など存在しないと嘲笑するが、ホーエンハイムは月が地球に落とす巨大な影自体が自ずと発動すると答える。皆既日蝕の影が各地を通過すると、配置された魂が活性化して錬成陣を完成させ、お父様から5000万人のアメストリス人の魂を剥ぎ取り、彼らの身体へと戻す。国中で倒れていた人々が起き上がり、言いようのない苦痛の瞬間をかすかに自覚する。

奪った魂を失ったお父様は、もはや神を抑え込むことができなくなるが、1億人の命から再び賢者の石を錬成できると豪語し、一行にエネルギーを放つ。メイは攻撃を吸収するほど強固になる錬丹術の結界を張り、ホーエンハイムは燃え尽きる両手で皆を庇い、兄弟は彼が戦い続けられるよう体を支える。頭上では反射した太陽光が一瞬ブラッドレイの目をくらませ、スカーが彼の剣を折り、両腕を分解する。ブラッドレイは折れた刃を口に咥えて最後の突きを放った後、両者ともに倒れ込む。ランファンから妻への遺言はあるかと尋ねられた死に際の大総統は、王と自分が選んだ妃との間に言葉など不要だと語り、髪が白くなりながら息絶える。ランファンはポケットから賢者の石を取り出し、スカーは国土錬成陣の中心にある5つの陣へ自分を運ぶよう彼女に頼む。

スカーは腕の錬成陣を発動させ、同胞たちが敷いたシートや全国各地へ力を送り、兄がアメストリスの地下に発見していた石のエネルギーによる妨害層を溶解させ、大地の力を錬金術のために解放する。能力を取り戻したエド、アル、イズミはお父様を追い詰め、グリードも参戦するが、お父様は彼らを払い除け、途中でブリッグズ兵の魂を喰らいながら地上へと登っていく。プライドはエドを捕らえ、ホーエンハイムの血を引く彼の身体を乗っ取ろうとするが、渦の中で今なお自我を保っていたキンブリーの魂がそれを拒絶し、蔑んでいた人間の姿に逃げ込んで死を免れようとするプライドを嘲笑する。エドは拘束を振りほどき、自らを1つの魂を持つ賢者の石に変えてプライドの精神に侵入し、その頭部を粉砕して、母親を呼んで泣く小さな眠れる赤ん坊の姿へと還元させ、抱きかかえて救い出す。

本話は原作マンガの「世界の中心」「神の御座」「プライドの底」の各話を映像化しており、アイキャッチには逆国土錬成陣の錬丹術部分が描かれている。通常のオープニングはなく、本編上に主題歌『レイン』が流れる構成となっており、力を得たお父様の戦闘シーンを一部カットしてホーエンハイムの対抗策へ素早く展開する。原作では一行と行動をともにしていたグリードは、アニメでは好機を伺って潜んでいたと示唆される。エドとプライドの死闘は、原作の高低差を活かした格闘戦よりもダイレクトに描写され、プライドの顔の欠損位置が低く変更されたことで目を損傷させず、衝撃を和らげている。