第7話（2009年版アニメ）

アームストロング少佐とともに中央（セントラル）に到着した兄弟は、マルコーの資料が隠されていた図書館第一分館が全焼しているのを発見する。イーストシティでは、ラストがグラトニーに対し、エドワードが資料の場所を知ったため放火したのだと語るが、グラトニーは下水道に漂うイシュヴァール人の血の匂いに引き寄せられ、スカーへの急襲は爆発に終わる。逃亡者が近くに留まり、彼を捕らえることが大総統の座を目指す自らの野望の足がかりになると期待したマスタングは調査を行い、川でスカーの血のついた上着だけを発見する。傷により身動きが取れないと判断したラストは、『お父様』に報告するため中央へ戻る。

新しい護衛であるマリア・ロスとデニー・ブロッシュに引き合わされたエルリック兄弟は、勤務中に読書をして解雇された元書記のシェスカのもとへ案内される。彼女はマルコーの資料をページ単位で記憶していた。完全記憶能力を活かして彼女は5日間で全文を復元するが、一見すると料理本にしか読めない内容であった。

エドはレシピの中に暗号化された錬金術の研究が隠されていると疑い、中央図書館本館で解読に取りかかる。全焼した分館に保管されていた軍法会議の記録の紛失を嘆くヒューズが訪れた際、兄弟はシェスカを紹介し、ヒューズはその場で彼女を雇用する。10日間の作業の末、兄弟はついに暗号を解読するが、そこに隠された『賢者の石は生きた人間から作られる』という真実に戦慄する。エドはロスとブロッシュに口外無用を誓わせる。

その夜、アームストロングは護衛たちを問い詰めて兄弟が落ち込んでいる理由を聞き出し、彼らの不幸に号泣して踏み込んでくるが、それがエドに『真実の裏にある真実』というマルコーの別れ際の助言を思い起こさせる。中央にある4つの現役研究所の地図を調べたエドは、セントラル刑務所の隣にある廃鎖されたはずの第5研究所に着目し、死刑囚が石の生体材料として供給されたのではないかと推測する。アームストロングは内密に調査することを決め、兄弟に近づかないよう命じるが、二人は夜陰に紛れて抜け出し、警備されている『廃建物』を発見してアルが外で待つ間に通風口から潜入する。奥深くで48番および66番と名乗り合う2体の鎧の人物が侵入を察知して手分けし、エドが研究所にまだ電源が入っていることを確認する中、66番がアルフォンスを急襲する。

このエピソードは原作漫画の『賢者の石』および『二人の守衛』のエピソードを映像化したものであり、アイキャッチにはエルリック兄弟の人体錬成陣が描かれている。スカーの上着が浮かんでいた以前は無名だった水路はマール川と命名され、兄弟は資料の解読中にいくつかの高度な錬金術用語を交わす。また、本話は2009年版で初めてホムンクルスが明確に傷を負う姿が描かれた回であり、スカーがグラトニーの左腕を破壊する（原作漫画および2003年版ではマルコーのラストへの攻撃に与えられていた役割）。ヒューズの訪問では、彼の背中に装着されたプッシュナイフが初めて描写される。第5研究所の議論におけるバスク・グランへの言及はカットされており、デニー・ブロッシュではなくアームストロングがエドにマルコーの言葉を思い起こさせ、兄弟はマリア・ロスから経歴を聞いた上でシェスカの自宅へ直接向かっている。