第五研究所

閉鎖された第5研究所の外で、アルフォンスはナンバー66と名乗る謎の鎧の人物に襲撃される。一方、内部に潜入したエドワードは、血で描かれた巨大な五芒星の錬成陣がある広い部屋にたどり着く。暗闇から現れた第2の番人ナンバー48は、侵入者を切り捨てると宣言する。二人は刃を交えるが、エドは弟と手合わせする時と同じ空洞の金属音を聞き取る。それを受けて番人は、自分もまた鎧に魂を定着させられた存在であることを認める。ナンバー48は処刑された連続殺人鬼「スライサー」であることを明かし、兜の中の血の錬成陣を見せ、それを破壊できればエドの勝利だと告げる。

旧型より強度の劣る新しい機械鎧（オートメイル）が戦闘中に不調を起こす中、エドはナンバー48から外でも別の仲間が相棒と戦っていることを知らされる。外では、アルフォンスがナンバー66の兜を脱がせて中が空っぽであることを確かめるが、自らを「バツの手配犯・バリー・ザ・チョッパー」と名乗る殺人鬼は毒のある言葉を吹き込む。アルの記憶や魂そのものが、兄と呼ぶ錬金術師によって捏造されたものではないかという疑念である。自分が人間であった証明ができないアルは、自らの存在意義に疑念を抱き始める。内部ではエドが兜を胴体から切り離すが、首のない鎧が立ち上がり、ナンバー48はスライサーが実は一つの体に二人分の魂（血の錬成陣）を宿した殺人鬼兄弟であることを明かす。追い詰めたエドはスカーの破壊の錬成を模倣して弟の鎧を打ち砕くが、自分は自分の弟を人間とみなしているからこそ彼らも人間として扱うと言い、止めを刺さずに助ける。

兄のスライサーが賢者の石について知る情報を話そうとした矢先、ラストとエンヴィーが現れ、いわゆる「人柱」を守るために両者を破壊する。エドの腕が動かなくなり、エンヴィーは彼を打ち叩いて気絶させる。研究所が崩壊する中、ロスとブロッシュが到着してナンバー66を拘束し、エンヴィーは負傷したエドを外へ運び出して姿を消す。隣接する中央刑務所では、両手に錬成陣が刻まれた手枷姿のゾルフ・J・キンブリーが爆発音に興奮を覚える。電話越しに、ヒューズは昇進を控えたマスタングに味方を集めるよう、そして冗談めかして結婚するよう促す。

本作は原作漫画の第11話から第14話（「二人の番人」、「「人間」の定義」、「鋼の身体」、「ひとりっ子の気持ち」）をアニメ化したものである。タイトルカードには第5研究所の五芒星の錬成陣が登場する。エドの肩の不調は、2話前にウィンリィが取り付け忘れたA-08ボルトが原因である。原作漫画とは異なり、エンヴィーが壁に大きな穴を開けて逃走する場面が描かれており、体内に秘められた膨大な質量を利用していると考えられる。