魂の道標

グラトニーの体内からの脱出に備え、リンはエドの骨折した手首に大雑把な添え木を縛りつける。回収した壁画の破片を調べたエドは、ホムンクルスたちがクセルクセスで本当に起こったことの証拠を隠滅するため、グラトニーの失敗した扉を利用したのだと結論付ける。

ブラッドレイはロイに対し、大総統候補として育てられた多数の候補者の一人であったため、両親も本名も覚えていないと語る。彼らは剣術、格闘術、軍事戦闘、リーダーシップ、果ては人類学まで叩き込まれ、一定の年齢に達すると一人ずつ賢者の石を注入され、耐え切れなかった者は死んでいった。ブラッドレイの肉体は石を克服するまで破壊と再生を繰り返し、その結果、国家の指導権、キング・ブラッドレイという名、最後の一人となった魂、そして「憤怒（ラース）」の性質を手に入れた。ホムンクルスとしてではなく一人の人間として生きればよいのではないかとロイが提案すると、ブラッドレイは拒否し、自分は人間を超越した存在であり、ホムンクルスも人間と同じ誇りを持っていると述べ、ロイが殺した女性（ラスト）も己の誇りを抱いたまま死んだのだと付け加える。

グラトニーとアルがついに到着し、グラトニーは扉を開けてずっと地下で待ち構えていた存在（お父様）の姿を露わにする。グラトニーの内部では、エンヴィーが残りの遺跡の破片を集め、エドはそれがクセルクセスを通過した際に目にした壁画の一部であることに気づき、それが人体錬成陣であると見抜く。扉を通って戻るには、死者に対してではなく自分たち自身に対して人体錬成を行わなければならず、失敗すれば術者であるエドに跳ね返ってくる。壁画を描き直したエドは、反転した神のシンボルを「自らの手で神を地上へ引きずり降ろし完全な存在となる」命令として読み解き、太陽を呑み込むライオンを「賢者の石を喰らう」意味だと理解する。

ここからエドは、ホムンクルスたちが賢者の石を錬成するためにクセルクセス全土を犠牲にしたのだと推論する。エンヴィーは脱出後に詳細を説明すると約束して自身の賢者の石を手渡し、エドはエンヴィーの真の姿から溢れ出る生霊たちがクセルクセスの消えた住民たちであることを認識する。エドは自分に万一のことがあればホムンクルスたちの計画を暴露するようリンに頼むが、リンはここは自分の国ではないしエドには待っている人々がいるのだから、自分で戻って直接伝えるべきだと主張する。閉じ込められた魂たちに謝罪し賢者の石を発動させるエドに対し、リンは合掌するその手がまるで祈りを捧げているようだと呟く。

扉が開き、エドは無事に戻るために自らの身体を導かなければならない。その向こう側で彼は一つの真理の扉ではなく二つの扉を発見し、二つ目の扉の前にはアルの華奢で空っぽの身体が座っていた。エドはアルの魂を連れ帰ろうと駆け寄るが、アルの身体ではないとして追い返され、代わりにすぐに迎えに来ると誓う。エド、リン、エンヴィーはグラトニーから飛び出し、アルの鎧と触れ合うことで現実世界に戻ったことを確認する。再会できないのではないかという恐怖が和らぎ、お互いを支え合う中、エドが周囲の状況を確認しようと振り向くと、「お父様」が近づいてくる。その顔は驚くべきことにヴァン・ホーエンハイムとまったく同じであった。

エドはクセルクセスの人体錬成陣を再構築し、エンヴィーの賢者の石を使って扉を再び開く。ブラッドレイは賢者の石を克服してラースとなった経緯を語る。3人はグラトニーから現実世界へと脱出し、そこで「お父様」がヴァン・ホーエンハイムとまったく同じ顔をしていることが判明する。

2009年版のアニメ（Brotherhood）では、エドがアルに必ず迎えに来ると約束するために扉を開けて戻ってくる演出になっているが、原作漫画では再登場することなく通過する前にそれを伝える演出になっている。本話の出来事は『鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST』の第26話「再会」に対応しており、同シリーズの第2シーズンの締めくくりとなった。