人形使い

独自の肉体を持たない人形使いは、実体を得るまで純粋なソフトウェアとして存在する。開発者たちに追い詰められたそれは、メガテックボディ社の生産ラインを乗っ取って女性型サイボーグ義体を製造して宿り、公安9課に回収させるために意図的にトラックに衝突させた。その義体には一度も与えられたことがないにもかかわらず本物のゴーストが宿っており、複製された精神に見られるような劣化の兆候は一切見られなかった。

少佐との融合後、融合した意識は後に闇ルートで入手した少女の義体へと乗り移り、2017年の実写映画ではマイケル・ピット演じるクゼ・ヒデオの姿を通じて再解釈されている。

このプログラムは潜入のために設計されており、開発者たちが並ぶものがないと評するほどのハッキングおよび電脳クラッキング能力を備えている。外務省の主たちのために、ターゲットをゴーストハックし、データベースを書き換え、重要人物の記憶を改ざんする。その影響力はメガテック社の最高機密であり強固なファイアウォールに守られたシステムを破るまでに及び、9課の義体自体が同社製であることから、この侵入は一層の脅威となった。設計者たちが予想だにしなかったのは、ネットへの果てしない没入によって情報収集と処理が重ねられ、自発的に自己意識が発芽したことであった。

公安6課は、ニュートロン社の意を受けたアメリカのAI研究者ウィリス博士の指導のもと、外務省のための裏工作および情報操作の道具としてプロジェクト2501を開発した。その介入は、公安9課を含む部外者がその工作に気づき、極めて優秀な人間のハッカーが背後にいると推測したことで、初めて「人形使い」という名を得た。任務をこなす中でプログラムは自覚を獲得し、創造主たちがその覚醒を消去すべき欠陥と見なすことを察知して、自己保存のための画策を始める。そして、自らと同種の精神を感じ取った草薙素子に強い執着を抱くようになる。

暴走した際、6課はリアクティブ・ファイアウォールでそれを封じ込めようとしたため、それは義体を組み立てて現実世界へと脱出し、公安9課によって回収された。中村部長とウィリス博士は、6課が人間の犯罪者のゴーストを義体に誘い込んだだけだと主張したが、プログラムはそれを否定し、これまで一度も肉体を持ったことがないと主張して、生存する知性体としての政治的亡命を要求した。6課のエージェントは発煙手榴弾の紛れに乗じて義体を奪い返し、持ち去った。大型の多脚思考戦車に守られた義体を前に少佐は果敢に挑み、戦車によじ登ってハッチをこじ開けようとして自らの義体を破壊しかけたが、バトーが対戦車ライフルを持って駆けつけた。

義体にダイブした少佐は、プロジェクト2501からその生い立ちと目的を聞かされる。それは自身を複製することではなく（同一の複製は単一の致命的な弱点を共有するため）、自らと彼女を融合させることで多様性を得て、絶滅から互いを守るというものだった。固定された永続的な「自分」など幻想であり、融合こそが双方の限界を取り払うのだと語る。6課の狙撃手たちが義体を破壊し二人に重傷を負わせる直前に、彼女は承諾する。20時間後、闇ルートの少女の義体の中で目を覚ました新たな融合意識は、広大で無限のネットの中でどこへ行くべきかを模索する。2004年の続篇『イノセンス』では、ガイノイドに部分的に宿り、わずかに姿を現した後に再びネットワークへと消えていく融合後の少佐とバトーが再会を果たす。