ド根性師弟修業編

サスケとの戦いで受けた傷からナルトが回復する中、自来也が訪れ計画を打ち明ける。病院が彼を退院させ次第、二人は木ノ葉隠れの里を離れて3年間修業に費やすというものだ。自来也は目的が暁に備えることだと主張し、サスケを追うことは愚か者のすることだと警告するが、ナルトは自分はまさにその愚か者だと明るく答える。彼が回復すると、師匠と弟子は共に出発する。

サスケが写輪眼の幻術を磨くことを予期し、自来也はナルトに幻術をはねのける訓練をさせる。ナルトが夜通し修業する間、自来也は少年の四代目火影に似ている姿を指摘したことを思い出し、ミナトとクシナに思いを馳せる。翌日、彼はガマ力を口寄せしてナルトに幻術のキスをさせ、呪文を破るために体内でチャクラを練るよう教えるが、ナルトは代わりにそれを外に放出し蛙を殴り飛ばす。教訓を叩き込もうと、二人は木々が幻術を引き起こす磁場を発する幻樹の村へ向かう。彼らは集落が、以前の指導者であるスクネを殺害し女子供を人質に取っているカンダチに支配されているのを発見する。潜入するため、ナルトはタニシという少年に変装し、捕らえられた囚人を装って自来也を縛り、二人がカンダチの支配する湖まで連行されるようにする。

ナルトが出発前に火影岩を見上げた際、第一部の終わりで彼が去った時には無かったはずの綱手の顔がすでにミナトの隣に彫られているという設定の矛盾が見られる。後に彼が帰還した際、新たに彫られた顔だけが里の唯一の変化だったと発言している。このエピソードは日本で2010年11月25日に初放送され、英語圏では2013年5月4日に放送された。オープニングにはDiver、エンディングにはU Can Do It!が使用されている。