イーデン校入学編

イーデン校入学編（Eden Beginnings Arc）は、『SPY×FAMILY』の第3番目のストーリーアークであり、第7話から第10話、特別編1およびショートミッション1（単行本第2巻）、アニメ第1期の第6話・第7話に相当する。ファンによるこの仮称は、面接試験編と秘密警察編を繋ぐものである。

アーニャの入学に伴い、オペレーション〈梟〉（ストリクス）は第2段階へと移行する。それは、同校のエリートである特待生（インペリアル・スカラー）とその保護者にのみ開かれたドノバン・デズモンドの社交界へとアプローチすることである。8つの星（ステラ）を獲得すれば仲間入りを果たせるが、8つの雷（トニトラス）を食らえば退学処分となる。

本アークは準備段階から始まる。仕立屋がアーニャの制服を採寸しながら学校にまつわる不気味な噂話で彼女を怖がらせ、ロイドのハンドラーは今や任務を左右する評価システムについて説明する。面接試験の苦い記憶に苛まれるヨルは、もっと頼もしい母親になれたらと願う。スーパーの店外で身代金目当ての不良たちにアーニャが捕まった際、ヨルは恐ろしいほどの容易さで不審者たちを撃退し、大喜びしたアーニャは格闘術を教えてほしいとねだる。ロイドが困惑する中、即席の戦闘訓練が始まる。

2つのサイドストーリーが家族の日常を掘り下げる。近所の噂話を封じるため、疲弊したロイドは週末の水族館行きを計画するが、現地でWISEからミッションを下される。それはペンギンの1羽が飲み込んだカプセルに隠されたマイクロフィルムを回収することだった。アーニャの読心術によって正しいペンギンが特定され、ロイドはスタッフに変装して潜入し、同じお宝を狙って現れた偽研究者を暴き、ヨルが逃走する男を天井へと蹴り飛ばす。ロイドは巨大なペンギンのぬいぐるみをアーニャにプレゼントして1日を締めくくる。そのおもちゃは自宅でのスパイごっこに加わるが、ロイドの部屋に入ろうとして叱られたアーニャが泣き出す事態となり、最終的には両親がごっこ遊びに付き合ってお菓子を買い与えることで和解する。

オリエンテーション式典とともにいよいよ学校生活が始まる。アーニャはテレパシーでロイドのプランB（予備計画）を知る。それはドノバンの次男であるダミアンと友達になることだった。しかしファーストコンタクトは惨憺たる結果に終わる。ダミアンが彼女の家族を嘲笑すると、アーニャはそのいじめに対して挑発的なニヤケ顔で応え、それが同級生のベッキー・ブラックベルの心を掴む。紙くずが飛び交い始めると、アーニャはダミアンの顔面に右フックを叩き込んで決着をつける。ベッキーを庇うためだったというアーニャの言い分に心の中で感銘を受けつつも、ヘンダーソンは雷（トニトラス）を1つ科し、両家に通知する。

ロイドはアーニャに謝罪するよう促す。翌日、アーニャが涙ながらに試みた謝罪は、図らずもダミアンの心に恋心を芽生えさせ、彼は恥ずかしさのあまり謝罪を拒絶してしまう。自宅では、ロイドの強引な勉強スパルタ指導によりアーニャが部屋に閉じこもるが、ヨルからプレッシャーを与えるよりも褒める方が効果的だと指摘される。娘の様子を見に行ったロイドは、本の上で眠っているアーニャを見つけて布団をかけ、もしこの家族が本物だったらどんな気持ちだろうかとふと考えている自分に気づく。その頃、ユーリ・ブライアは仕事から帰宅し、姉が結婚していたという衝撃の事実を知るのだった。

本アークはシリーズの核となる学校生活の基礎を構築する。アーニャ、ダミアン、ベッキーが初めて出会い、ベッキーはアーニャの最初の友人となり、ダミアンのツンデレな恋心が芽生える。この感情の伏線は、その後のナカヨシ作戦の根幹を支えることになる。またアーニャは最初の雷（トニトラス）を獲得し、退学カウントダウンが動き出す。

ユーリの初登場は続くアークへの布石となり、シルヴィア・シャーウッドはロイドのハンドラーとして正式に紹介される。