MISSION: 54

Princess Loreleiの遥か上空の屋上デッキでは、ヨルと剣士の激闘が続いている。下では花火大会が終わり、ロイドはヨルが結局現れなかったことを謝りながらアーニャを船内へ連れ戻す。その謝罪でアーニャは記憶を呼び覚まされる。彼女はまだ母親を追跡して手助けするつもりだった。

近くにいた取り乱した保安局（SSS）捜査官の読唇により、ロイドは船底に爆弾が仕掛けられていることを知る。その規模の脅威を放置することはできないため、彼はまずアーニャを安全な場所に避難させる必要がある。アーニャは彼の意図を頭から読み取り、託児所を指さしてそこで遊びたいと主張する。ロイドが去った瞬間、彼女もそこを抜け出す。かつて海兵隊で爆発物を扱っていた船員に変装したロイドは、言葉巧みに船底へと潜入する。そこでは神経質な船員がSSSの監視下で爆発物の見張りをさせられていた。動かせば爆発が引き起こされる仕組みだった。デザインはウェスタリスの過激派グループが好むハードウェアと一致していたが、本物のウェスタリスの作戦ならWISEが把握しているはずであり、ロイドは誰かがウェスタリスに罪を着せるために仕組んだのだと結論付ける。

一方、アーニャは情報屋の足取りを見失う前に、ヨルがどこで戦っているかについての彼の思考を拾う。戦場の真下で、彼女は以前ヨルが落とした武器が床板に挟まっているのを見つける。上空では、ヨルが剣士に対して優勢に立ちながらも間合いを詰められず、殺し屋のリーダーの銃撃によって足止めされていた。近くに階段がないため、アーニャは武器をデッキの上に投げ上げる。戦場からは程遠い場所に落ちたものの、オルカ、グラム、ゼブが隠れているハッチへと忍び寄っていた2人の殺し屋がその武器につまずき、ドジの連鎖でお互いを気絶させ、1人はお尻に武器の先が刺さってしまう。アーニャはすべて計画通りだと宣言する。

銃声によってヨルの視線は取り戻した武器へと向けられる。剣士がカウンターのために刀を鞘に納めると、彼女は最後の突撃を決意する。殺し屋のリーダーが彼女に狙いを定めるが、意識を取り戻したマシューによって撃ち倒される。2人の決闘者はすれ違いざまに一閃を交わし、両者とも倒れ込むが、胸から血を流して倒れたままになったのは剣士だけだった。下で耳をすませていたアーニャは、疲れ切った母親の思考を聞き取り、勝利を祝う。

ロイドは歓声の中で船底の爆弾を解除するが、爆発物以上にSSSの存在が彼にストレスを与えており、消えない疑念が彼の表情を硬くする。彼の直感は正しかった。情報屋が船に嘲笑の別れを告げる中、2つ目の時限装置がカウントダウンを続けていた。

船底の爆弾解体。 ロイドは偽の身分で乗組員に潜入し、爆発物がウェスタリスに罪を着せるための濡れ衣だと見抜き、SSSの前で解体してみせる。

アーニャの投擲が決闘を決する。 彼女の「ライジングホープ」投げによってヨルの武器が屋上デッキへと戻り、偶然にもオルカの隠れ家を狙っていた2人の殺し屋を倒す。

剣士の敗北。 マシューが間一髪で意識を取り戻して殺し屋のリーダーを射殺し、ヨルが最後の打撃で勝利する道を切り開く。

2つ目の爆弾の存在。 情報屋が追及を逃れる一方、船内で別のタイマーが刻々と時を刻み、次話の危機をお膳立てする。

MISSION: 54は23ページ構成で、単行本第9巻に収録され、2021年10月18日に公開された。豪華客船編（豪華客船クルーズ編）に属し、アニメでは第34話で映像化された。扉絵はマシュー・マクマホン、ヨル、剣士が飾っている。

アーニャが訪れる託児所は「わくわくキッズルーム」と呼ばれ、アーニャ自身の決め台詞でもある日本語の「ワクワク」から取られている。彼女の武器の投擲は同名のLiSAの楽曲にちなんで「ライジングホープ」と命名されており、扉絵のアーニャのポーズはそのシングルCDのジャケット写真のLiSAを模している。