Quarta Guerra Mondiale Ninja: Conto alla Rovescia

Che copre i capitoli dal 484 al 515 nei volumi dal 52 al 55, questa serie è adattata negli episodi dal 215 al 222 e poi dal 243 al 256 di Naruto: Shippuden, con un viaggio filler inserito in mezzo. Il suo tema è la preparazione alla Quarta Guerra Mondiale Ninja mentre tutte le parti in guerra si preparano. Dopo il Vertice dei Cinque Kage e prima del Confronto, traccia i preparativi dell'alleanza contro un nemico che accumula sia soldati clonati sia leggende resuscitate.

Il duello con Sasuke si interrompe quando Naruto protegge Sakura da un colpo mortale, riunendo brevemente la vecchia squadra prima che Tobi porti via Sasuke per ricevere gli occhi trapiantati di Itachi. La notizia della morte di Orochimaru raggiunge Konoha, Tsunade si risveglia dal coma proprio mentre gli anziani si preparano a nominare un nuovo Hokage e il villaggio si volge a organizzarsi per la guerra. Convocato sul Monte Myoboku, Naruto riceve una profezia su un'isola paradisiaca e un giovane dagli occhi potenti, poi accetta la chiave del suo sigillo nella convinzione di essere pronto a domare il Novecode.

I leader decidono di confinare i due ospiti su un'isola nascosta, dove Killer B alla fine accetta di insegnare a Naruto. Alle Cascate della Verità Naruto affronta un'ombra amara di se stesso e, dopo aver ascoltato la dolorosa storia di Motoi con l'Ottacoda, abbraccia quel sé oscuro per superarlo. Poi lotta contro la volpe liberata nella propria mente, attingendo alla Modalità Eremitica e all'aiuto di B, finché lo spirito di sua madre Kushina appare per legare la bestia e prestare il suo chakra. Naruto reclama il potere della volpe, apprende la verità completa sulla notte in cui fu reso ospite e si separa da Kushina con gratitudine e la promessa di superare i suoi genitori.

La nuova capacità sensoriale di Naruto smaschera Kisame, che si era nascosto dentro Samehada, dopo che Guy lo sconfigge con la Tigre del Giorno, lo spadaccino si annega piuttosto che consegnare le sue informazioni, sebbene una pergamena trappola riesca comunque a far pervenire i segreti raccolti al nemico. Ad Amegakure, Konan tende un'imboscata a Tobi con una colossale distesa di carte esplosive per proteggere il corpo di Nagato, eppure Izanagi gli permette di sopravvivere, e lui rivendica il Rinnegan dopo averla uccisa. Ristabilito e con una nuova maschera, Tobi mostra a Kabuto il clone privo di mente di Hashirama e un esercito di circa centomila Zetsu Bianchi cresciuto a costo del chakra delle bestie sigillate.

Kabuto cattura Yamato per rafforzare quell'esercito con l'Arte del Legno e, per ingrossarne ulteriormente le fila, reincarna una schiera di Akatsuki caduti, ex ospiti, Kage e shinobi famosi. Mentre entrambe le alleanze radunano le loro forze e gli esploratori individuano il covo nemico al Cimitero delle Montagne, l'orda rianimata marcia e la guerra è pronta a iniziare.