Arco Anbu di Kakashi: Lo Shinobi che Vive nell'Oscurità

Comprendendo gli episodi dal 349 al 361, questo arco è una produzione esclusiva dell'anime di Naruto: Shippūden inserita nel pieno del culmine della Quarta Guerra Mondiale dei Ninja. Ripercorre il servizio di Kakashi negli Anbu Black Ops, usando la sua storia per illuminare anche i passati di Yamato e Itachi Uchiha. Gli eventi si dipanano nell'arco di circa un decennio, dall'ascesa di Minato a Hokage fino alla notte in cui cadde il clan Uchiha.

Tormentato dal suo ruolo nella morte di Rin, Kakashi viene assegnato agli Anbu da Minato, dove uccide senza esitazione finché non gli viene affidato un più mite incarico di sorveglianza sulla incinta Kushina per stabilizzarlo. Dopo che Minato e Kushina muoiono per contenere il Nove Code, Danzō recluta Kakashi in Root, dove incontra per la prima volta un ragazzo che padroneggia il Wood Release. Incuriosito, Kakashi indaga sugli esperimenti sepolti del villaggio, sventa un complotto contro Hiruzen e risparmia il ragazzo del Wood Release, intuendone il valore per Konoha.

Quando i crimini di Orochimaru vengono a galla, Hiruzen non riesce a uccidere il suo allievo e lo lascia fuggire. Danzō invia il ragazzo, Kinoe, per favorirne la fuga, trascinando sia lui sia Kakashi presso il condannato clan Iburi, un popolo capace di trasformarsi in fumo che Orochimaru massacra per impadronirsi della sua abilità. Kinoe e Kakashi salvano la superstite Yukimi e imparano a fidarsi l'uno dell'altro, e in seguito, pur avendo ricevuto l'ordine di rubare lo Sharingan di Kakashi, Kinoe lo protegge invece e assume il nome in codice Tenzō dopo essersi unito agli Anbu di Hiruzen.

Anni dopo, un giovane Itachi entra negli Anbu mentre Danzō gli assegna il compito di sorvegliare il proprio clan. Mentre le tensioni sfociano verso un colpo di stato, Danzō ruba l'occhio di Shisui, spingendo Shisui al suicidio e risvegliando il Mangekyō Sharingan di Itachi. Alla fine Itachi annienta gli Uchiha, risparmiando solo Sasuke e ottenendo la promessa di Hiruzen di proteggerlo.

Con il massacro alle spalle, Kakashi viene congedato dagli Anbu e gli viene comunicato che farà da mentore a una squadra di genin. Segnato dalle perdite della sua stessa squadra, boccia ripetutamente i candidati che trascurano il lavoro di squadra, finché un trio attira la sua attenzione: il figlio orfano del suo maestro, il fratello minore di Itachi e un'abile kunoichi. Quando comprendono che aiutare un compagno vale più delle regole, Kakashi li promuove e diventa formalmente il leader del Team 7, chiudendo il cerchio sui suoi anni più oscuri.