La direttiva per catturare il Nove Code

Nel profondo di un laboratorio nascosto, un fulmine anima uno degli esperimenti di Orochimaru, che si rivolta immediatamente contro il suo creatore e devasta l'edificio, costringendo Orochimaru e Kabuto alla fuga. Il giorno seguente, Itachi e Kisame recuperano i resti e li portano a Pain, che usa il Re degli Inferi per restaurare e potenziare la macchina. Celata sotto un mantello e ricostruita, viene affidata a Itachi con l'ordine di catturare il Nove Code. Vicino a Konohagakure, Itachi la libera per catturare Naruto, e il costrutto si scatena tra gli abitanti del villaggio e sopraffà la squadra di Guy prima che Naruto stesso intervenga, desideroso di tornare al suo allenamento.

Naruto assale la macchina con i cloni, ma essa li respinge senza difficoltà, e quando strappa il mantello scopre una copia meccanica di se stesso, Mecha-Naruto, che inizia a drenare il suo chakra del Nove Code e a prosciugarne le forze. Kakashi e Yamato arrivano, con Kakashi che distrae il replicante con il suo Taglio del Fulmine così che Yamato possa liberare Naruto, e i tre si allontanano attraverso un tunnel nascosto. Mecha-Naruto inizia a radere al suolo il villaggio per far uscire Naruto allo scoperto, spingendo Tsunade a organizzare un diversivo: Naruto e Yamato partono su un palanchino portato da Choji, Kiba, Neji e Shikamaru con Kakashi come supporto. Shino insiste per unirsi e viene sconfitto, Shikamaru prende il suo posto per affrontare la macchina e viene scaraventato a terra, e Tsunade invia Shizune a chiedere aiuto a Sunagakure.

L'esperimento di Orochimaru si risveglia, lo attacca e costringe lui e Kabuto ad abbandonare il loro covo. Itachi e Kisame portano i resti a Pain, che li ripara e modifica con il Re degli Inferi. Itachi schiera la macchina per catturare Naruto, e si rivela essere un duplicato meccanico chiamato Mecha-Naruto. Mecha-Naruto sottrae il chakra di Naruto prima che Kakashi e Yamato lo traggano in salvo. Tsunade avvia un piano diversivo con il palanchino che fallisce quando Shino e Shikamaru vengono sconfitti, e richiede rinforzi a Sunagakure.

Questo episodio originale dell'anime introduce Mecha-Naruto, una controparte meccanica dell'eroe. Vengono segnalati due errori di continuità: il Sentiero Deva viene mostrato mentre brandisce il Re degli Inferi, che normalmente appartiene al Sentiero Naraka, e durante una scena del palanchino Choji è disegnato per errore con i capelli rossi.