La fine dell'uomo leggendario! Il giorno in cui il Treno Marino pianse

I Tom's Workers vengono arrestati per l'attacco alla nave giudiziaria. Quando Franky dichiara che una nave trasformata in arma non è più una delle sue navi, le parole fanno infuriare Tom, che colpisce Franky per la prima volta e insiste che deve essere orgoglioso di tutto ciò che crea. Tom si offre quindi di accettare la punizione per il suo vecchio crimine se Franky e Iceburg verranno risparmiati da Enies Lobby. Ma la furia di Franky esplode, sfigura il volto di Spandam con una pistola e finisce comunque per essere ricercato. Cercando di fermare a mani nude il treno in partenza, viene investito.

Nel presente, Zoro rimane perso sui tetti mentre Luffy resta incastrato in un muro e Kokoro osserva l'incendio della Galley-La. Il flashback riprende con un arpione conficcato in Tom, che dice a Iceburg di non incolpare Franky. Spandam e i suoi agenti del CP5 catturano tutti e tre e li fanno sfilare per la città come presunti aggressori. Quando Franky rinnega le sue navi d'assalto, Tom spezza le manette, prende a pugni il cyborg e gli fa la predica dicendo che un costruttore non deve mai rinnegare le proprie creazioni, poi picchia selvaggiamente Spandam prima che i marine lo crivellino di colpi.

Tom confessa l'incursione e ne chiede il perdono, ma Jorge stabilisce che verrà comunque impiccato per aver costruito la nave di Gold Roger. Tom accetta con orgoglio, felice di aver dato speranza a Water 7, e sviene a causa dei tranquillanti. Quando Spandam cerca di portare via anche Iceburg e Franky, Jorge insiste che solo Tom deve andare e la protesta in lacrime di Kokoro spinge Franky a fracassare la faccia di Spandam con una pistola rubata. Ferito e in fuga, Franky cerca di fermare il Puffing Tom e viene travolto. Nel presente, Lucci rivela che il capo all'altro capo della linea è proprio Spandam. L'episodio segna il debutto di Enies Lobby.