光のホーエンハイム

忘れ去られた信仰をかつて祀っていた廃教会の地下にて、スロウス、ラース、グラトニー、そして檻に閉じ込められたラストらホムンクルスたちが待つ中、ライラとロゼが隠された階段を降りて合流する。セントラルでは、激怒したマスタングが勝手に立ち去ったエドワードとアルフォンスを詰問するが、アームストロングの穏やかな態度が兄弟から重大な証言を引き出す。ブラッドレイ大総統とその秘書ジュリエット・ダグラスの正体は、賢者の石の陰謀に組み込まれたホムンクルスであるというのだ。ダグラスを宇宙人ではないかと恐れていたシェスカはその知らせに妙な安堵を覚えるが、兄弟はアルフォンス自身が賢者の石である事実は伏せたままであった。

ロックベル家への帰り道、エドワードが失くした懐中時計の話題から、マスタングはイシュヴァール殲滅戦において「赤い石」が錬成増幅器として使われていたことを告白し、その事実はあわや殴り合いの喧嘩に発展しそうになる。自宅に到着した兄弟は父親が戻っているのを発見し、エドワードは拳を振るって再会を迎える。その夜、ホーエンハイムはマスタングに対し、ホムンクルスの恐ろしい生態を静かに明かす。彼らは形のない状態で生まれ、赤い石を通じて命を喰らうことで初めて人間の姿を得ること、錬金術を行えないこと、そして扉の向こう側から現れることを語る。またアルフォンスには、等価交換を逆転させれば失われた身体を取り戻せるかもしれないが、自分自身にはそれを扱うことができないと告げる。

朝を迎える頃にはホーエンハイムの姿は消えていた。ロックベル家の地下室に隠れ、兄弟はホムンクルスたちが賢者の石の精製を強制するためにイシュヴァールの戦乱を仕組んだのだと解き明かす。そこへシェスカの不注意な言動により、知りすぎたヒューズが死んだことが明かされ、兄弟は打ちのめされる。ピナコは復讐に走らせないためのマスタングの沈黙を擁護するが、打ちひしがれたエドワードはその日以来大佐を憎むことを誓う。一方教会では、ホーエンハイムがライラの正体をホムンクルスを操る古代の魂ダンテであると暴き、息子たちの安全と引き換えに彼女の肉体の腐敗に関する秘密を提示する。リゼンブールでは、エドワードがスロウスに対抗する武器を手に入れるため、母親の墓を暴くという凄惨な作業に向けて心を決める。

ホーエンハイムが帰還し、ホムンクルスが形なきものとして生まれ、赤い石を通じて命を糧とし、錬金術を使えず、扉の向こうから現れることをマスタングに明かす。エルリック兄弟はセントラルを離れて以来マース・ヒューズが故人となっていたこと、そして奴らが賢者の石を精製させるためにイシュヴァール殲滅戦を引き起こしたことをついに知る。ホーエンハイムはライラがホムンクルスの黒幕であるダンテの器であることを暴き、息子たちに手をつけないという約束と引き換えに、彼女の肉体が腐敗していく真相を渡す。エドワードはスロウスを打倒する手段を得るため、トリシャの墓を掘り起こす決意を固める。

アメストリスから途絶えた信仰に関する冒頭のライラの発言は、キリスト教を強く示唆している。この解釈は2話後にイズミが古代宗教に結びついた暦体系に言及することで裏付けられている。エピソードのタイトルにはヴァン・ホーエンハイムの名が冠されており、物語の中では彼の人物像と彼の異名を背負った話数とが明確に区別されている。