Nove Code, catturato!

Fukasaku e Shima preparano un canto di genjutsu affinché Naruto possa sfruttare le brevi pause tra le abilità di Pain. Il Sentiero Deva attira Naruto a sé con un'attrazione gravitazionale mentre il Sentiero Preta lo afferra per drenargli il chakra, e la sua Modalità Eremitica svanisce. Riconoscendo che restare immobilizzato può giocare a suo favore, Naruto continua a raccogliere energia naturale, che il Sentiero Preta assorbe avidamente finché non va in sovraccarico, si indurisce trasformandosi in una statua di rospo e viene distrutto.

Frustrato per quanto Naruto lo abbia messo alle strette, il Sentiero Deva trascina a sé Fukasaku e lo uccide, poi inchioda le mani di Naruto al suolo con una barra nera. Dopo aver intrappolato il jinchūriki, Pain dichiara che il mondo comprenderà finalmente la vera sofferenza prima che possa giungere la pace. Naruto lo accusa di ipocrisia per predicare la pace dopo aver ucciso Jiraiya e Kakashi e aver raso al suolo il villaggio. Pain ribatte di perseguire la stessa pace cercata da Jiraiya e di vendicare ciò che le grandi nazioni hanno fatto ad Amegakure durante la Seconda Guerra Mondiale degli Shinobi, avendo perso tutti coloro che amava a causa del ciclo dell'odio. Chiede a Naruto come porrebbe fine a quel ciclo e Naruto, ricordando il fardello trasmessogli da Jiraiya, ammette di non avere ancora una risposta.

Pain spiega il suo piano: impadronendosi del Nove Code controllerà tutti e nove i cercoteri e li userà per devastare intere nazioni, terrorizzando il mondo al punto da evitare la guerra. Con il tempo quella paura svanirebbe e l'umanità rivolgerebbe di nuovo i cercoteri gli uni contro gli altri, ripetendo il ciclo di distruzione e terrore. Altrove, Shikamaru decide di trovare il vero Pain affinché la morte di Shizune non sia vana, e Inoichi ricorda un ricordo di Pain che dimora in un'alta torre. Deducendo che il vero corpo debba trovarsi nella torre più alta vicino a Konoha, si mettono alla sua ricerca. All'interno di quella torre viene rivelato il vero Pain, il menomato e malato Nagato, che dirige il Sentiero Deva, mentre Konan lo esorta a riposare dopo che ha tossito sangue.

Naruto distrugge il Sentiero Preta sovraccaricandolo di energia naturale, ma Fukasaku viene ucciso e Naruto è inchiodato dalle barre nere di Pain. Pain espone la sua storia con Amegakure e il suo piano di trasformare tutti e nove i cercoteri in armi per imporre la pace attraverso la paura. Shikamaru, Inoichi e la squadra di analisi deducono che il vero Pain si nasconda in una torre vicina. L'episodio smaschera il fragile Nagato, coperto di sangue, come il vero controllore dietro i Sei Sentieri, vegliato da Konan.

L'episodio rientra nell'arco dell'Assalto di Pain e adatta i capitoli dal 434 al 436, con l'apertura A World That Was Transparent e la chiusura Bicycle. Offre il primo sguardo chiaro a Nagato come mente dietro Pain.