Radice

Conosciuta anche come Fondazione, la Radice nacque come una diramazione addestrativa dell'Anbu di Konohagakure. Danzō Shimura la creò e la diresse, utilizzandola per eseguire qualsiasi operazione ritenesse utile per il villaggio. La sua dottrina centrale, denominata Volontà della Radice, descriveva i suoi agenti come le mani nascoste che sostenevano il grande albero di Konoha da molto sotto il suolo. Tale credo giustificava una serie di azioni turpi, tra cui l'omicidio di persone considerate possibili minacce solo per aver parlato male del villaggio, anche quando non avevano commesso alcuna vera offesa contro di esso. Al di sopra di tutto il gruppo apprezzava la segretezza, e la maggior parte del suo operato si svolgeva nell'ombra, senza rispondere ad alcun anello della catena di comando di Konoha e proteggendo i suoi segreti con ancora più gelosia rispetto al normale Anbu. La Radice fu ufficialmente sciolta dopo la Caduta del Clan Uchiha, una catastrofe orchestrata dallo stesso Danzō, sebbene abbia continuato a operare in segreto fino alla sua morte. Anche dopo che Hiruzen ne ordinò la chiusura, i suoi membri rimasero fedeli a Danzō, ponendo la sua parola al di sopra di quella dell'Hokage. Con la scomparsa di Danzō, Sai consigliò ai sopravvissuti di rivolgersi a Kakashi Hatake, che era il successivo in linea per la carica di Hokage.

La Radice forgiava i suoi agenti con metodi brutali. Un sigillo maledetto veniva impresso sulla parte inferiore della lingua di ciascun membro e, nell'istante in cui qualcuno tentava di rivelare qualcosa riguardante Danzō o il gruppo, quel sigillo paralizzava l'intero corpo, garantendo che la cattura e l'interrogatorio non potessero estorcere alcun segreto. Il marchio svanì nel momento in cui Danzō morì. Per estirpare le emozioni, Danzō cresceva le reclute fianco a fianco come fratelli fin dall'infanzia e poi le costringeva a massacrarsi a vicenda, un regime quasi indistinguibile dalla vecchia prova di diploma dell'Accademia di Kirigakure. I membri rispondevano a nomi in codice e molti di loro non ricordavano più i nomi con cui erano nati. Invece di una katana portavano un tantō senza punta e, sotto il consueto mantello e la maschera Anbu, che non prevedeva un'uniforme oltre a una corta giacca nera a vita scoperta, dotata di cinghie rosse sulle spalle, ciascuno indossava abiti propri. Il gruppo ricorreva anche a un lavaggio del cervello graduale e prolungato, una volta rielaborando lentamente una serie di fotografie affinché Nonō Yakushi non riconoscesse più Kabuto e si rivoltasse contro di lui.

Il registro delle missioni dell'organizzazione è lungo e oscuro. Danzō incaricò Tanuki Shigaraki di forgiare l'arma Gozu Tennō a partire da cellule prelevate da Hashirama, inviò Nonō a Iwagakure e infiltrò Kabuto tra i grandi villaggi per spiare, prima di tramare per far sì che i due agenti si uccidessero a vicenda. Altri incarichi includevano incastrare Iwagakure per sabotare i colloqui di pace, spingere Hanzō verso un'alleanza e ordinare a Sai di assassinare Sasuke Uchiha, un incarico che alla fine Sai abbandonò. Mentre Pain devastava il villaggio, Danzō trattenne la Radice dalla difesa, scommettendo che la calamità gli avrebbe spianato la strada verso la carica di Hokage. Partendo per il Vertice dei Kage, portò con sé Fū e Torune come guardie mentre altri agenti pedinavano Anko e Kabuto, ma Tobi fece sparire le guardie del corpo e Sasuke trafisse Danzō prima che uno qualsiasi di questi piani potesse dare frutti.

Danzō Shimura fondò e comandò la Radice, selezionando personalmente i suoi membri e privilegiando reclute provenienti da clan con doti rare, tra cui gli Aburame, gli Yamanaka e gli Uchiha. Sai divenne il suo volto più noto, finendo per sfidare gli ordini di Danzō e in seguito impegnandosi a liberare i membri rimasti da quell'eredità. Nell'anime, Yamato fu l'unico membro che Danzō addestrò con le proprie mani. Nonō Yakushi, apprezzata per la sua abilità nella raccolta di informazioni, fu giudicata inadatta perché non riuscì mai a liberarsi dei suoi sentimenti e trovò la morte per mano di Kabuto. Kabuto Yakushi spiò per conto della Radice prima di disertare al fianco di Orochimaru. Fū e Torune costituivano la coppia di punta e servirono come guardie di Danzō, mentre Tanuki Shigaraki portò avanti il progetto Gozu Tennō dopo il suo esilio, trasmettendo il suo rancore alla figlia Sumire. Una volta conclusa la Quarta Guerra Mondiale dei Ninja, Tsunade insieme a Kakashi trattenne i controlli sui trascorsi degli abitanti del villaggio, permettendo ad ex agenti come Kido Tsumiki e Magire di rientrare silenziosamente nell'Anbu regolare.