《博人传》漫画的首章开篇于已成废墟的木叶村，博人与川木在此交锋，随后倒叙至年少博人对父亲的怨懑，以及将他卷入中忍考试并引向宇智波佐助的事件。
宇智波佐助的独自旅程开局，将他送往遥远的国度，为患上怪病的漩涡鸣人寻找解药。一起抢劫、一场误会与一次故意被捕，使他进入了一座监狱，而这座监狱隐藏着他前来揭开的真正秘密。
《木叶新传》的开篇章节讲述了年轻的猿飞未来在追赶一只流浪猫时迷失了方向，意外撞上了一个称她的技艺已过时的叛忍。一次挫败的经历与鹿丸的教诲，成为她迈向自己憧憬的忍者之路的第一步。
系列首章介绍漩涡鸣人，一名受人排斥的孤儿，体内封印着九尾妖狐。故事将他成为火影的梦想置于村子对他的不信任之下，并以他收获的第一份真挚友情收尾。
宇智波佐助适应监狱生活，同时探究其核心谜团，龙梅诺。在偷懒的室友与一场被操纵的骰子游戏之间，他暗中试探那头巨兽，既发现了一种无法解释的治愈能力，也认清了一位无法蒙骗的典狱长。
《火影忍者》第二话介绍了第三代火影的顽皮孙子木叶丸，他缠着漩涡鸣人拜其为师。两人因共同怀揣成为火影的梦想，又同样因被人轻视而苦恼，这两个捣蛋鬼达成了令人意外的成熟共识。
未来捣毁了一个盗贼窝点，但纠结于自己究竟是独立忍者还是仅仅活在父亲阴影之下。一项护送两位退休传奇人物穿越边境的新任务，其危险程度远低于任务等级所示。
博人追逐通往强大的捷径，希望通过掌握螺旋丸赢得宇智波佐助这位老师。他的急躁和一件违禁科技带来一堂关于作弊的课，同时两个入侵者悄悄开始狩猎尾兽。
因受罚被殴打并被龙爪毒害，宇智波佐助几乎倒下，就在此时一位熟悉的救星到来。本章让他与春野樱重逢，揭示了任务的真正目标，并将搜索方向指向了监狱自带的图书馆。
轻松的《木叶新传》章节，未来陪伴卡卡西和阿凯，看似执行任务，实则如同度假。被盗的钱包、虚假的秘密任务，以及一本爱不释手的小说，让她对这两位老兵始终捉摸不透。
第3话将新毕业生们编为三人一组，让漩涡鸣人与他心仪的春野樱和对手宇智波佐助分到了一起。鸣人嫉妒春野樱对佐助的关注，于是策划假扮他，不料弄巧成拙。
《火影忍者新世代》第3章开启了中忍考试，博人的小队经受刁钻问题和夺旗战的考验，而他违禁依赖手甲的做法悄然引来了关注的目光。
《双蓝漩涡篇》第3话展现了博人施展一种奇特的螺旋丸，利用行星自转让考德一直晕头转向。就在他逼问十尾下落时，川木的干扰给了考德溜走的机会。
寻找星图的过程将他们引向监狱图书馆和一场马拉松式的卡牌游戏。小樱耗赢了一个赌博成瘾的管理员，得到了禁区的钥匙，而找回的书将星座与六道仙人和佐助心中挥之不去的熟悉感联系起来。
这一话介绍了第七班的上忍导师，并展开了抢铃铛测试。在狼狈的自我介绍之后，旗木卡卡西的生存试炼中两个铃铛对应三人小队，暗示其中一人可能被遣返忍者学校。
《木叶新传：汤烟忍法帖》的第四章讲述了未来执行一次风险不高的边境任务，但任务时长远超她的预期，最终她陷入了一个因猫狗之争而分裂的小镇之中。
差点被龙抚摸致死的经历让佐助得到了破解星卡的线索。凭借九尾的启示，他与小樱假扮成政府使者及其随从，潜入赞斯尔的办公室，却发现地下藏着一个令人费解的秘密。
博人传第五章爆发，中忍考试被两名大筒木入侵者粉碎。被取消资格而步履蹒跚的博人，看着自己用作弊的小筒在桃式面前毫无作用，而鸣人、佐助以及各位影全力保护体育场中的平民，免受这个以查克拉为猎物的敌人的伤害。
这部《木叶新传：汤烟忍法帖》外传的第五章将情侣争吵置于全城节庆纷争之中。未来试图在犬冢牙的感情破裂前，弥合镇上猫狗两派之间的分歧。
第5话中，新组建的第七班接受了抢铃铛测试。宇智波佐助和小樱潜伏等候，漩涡鸣人则正面冲向旗木卡卡西，却被这位上忍随手拍开，对方甚至没怎么抬眼看书。他用分身耍的小聪明最终以一场尴尬的意外收场。
《败者》是《博人传》漫画的第六话，描绘了大筒木桃式绑架漩涡鸣人之后的风波。漩涡博人深陷愧疚，将他的科学忍具换成了父亲的信念，并与宇智波佐助一同出发去救回火影。
这段《木叶新传》章节中，一次安静的温泉旅馆住宿变成了对迈特凯的观察。在关于勇气和传闻闹鬼的温泉闲谈之间，凯激将旗木卡卡西进行一场乒乓球对决，而天天则酝酿着自己的计策。
本章为抢铃铛测试画上句号。宇智波佐助证明自己是三人中最难对付的，漩涡鸣人因偷吃便当被抓，旗木卡卡西给出了一个直白的裁决，并未将任何人送回忍者学校。
第8话以卡卡西的团队合作课程为抢铃测试收尾，而他的三名学生最终为了帮助彼此而打破规则的表现，为他们赢得了合格的成绩。
厌倦了琐碎的任务，漩涡鸣人要求执行真正的任务，第七班接下了一项：在前往波之国的路上护卫一位老造桥师。旅程刚一开始就变得致命。
龙灾过后，结局缓缓收束，烈陀国的冒险落下帷幕，注意力重回家乡。一位垂死之人得以幸存，一位年轻国王为毁坏的研究所哀悼，而春野樱终于明白宇智波佐助亲手制作的戒指所蕴含的无声深意。
《Blue Vortex》第10话描绘了第十班为保护向日葵而拼死对抗十罗，同时在她意识中，九尾揭示了被杀尾兽的碎片如何在鸣人的女儿体内扎根。她的爆发点结束了这一话。
《博人传》第十话在大筒木之战后收束，并埋下一颗恐惧的种子。在冻结的时光里，渐逝的桃式警告博人，那双蓝眼睛有朝一日会夺走他的一切，为少年留下一个不祥的预言与一枚奇异的新印记。
第11话中，第七班踏足了一个被腐败财阀扼住咽喉的国家。达兹纳坦白了他隐瞒危险等级的原因，而小队刚踏上岸就遭遇了致命刺客的突然袭击。
旗木卡卡西揭开隐藏的写轮眼对抗暗杀者桃地再不斩，二人在迷雾中过招，那里一切，甚至战斗者本身都不完全是表面看上去那样。
漫画第十三话中，卡卡西在波之国任务中落入下风，被再不斩的水牢困住。上忍被封住后，护卫达兹纳的职责落到了三位下忍肩上，而鸣人选择向前冲锋，而非听从逃跑的命令。
《木叶新传：蒸汽忍者卷》漫画第13话中，未来将龙贵的血液诅咒反过来对付他自己。在旗木卡卡西和凯的支持下，加上对飞段的研究，她巧妙避过邪神仪式，但走投无路的邪教徒却抓住了新的受害者。
《博人传》漫画第13话中，博人前去归还一张稀有卡牌给朋友天斗，不料却卷入一场绑架阴谋。就在木叶丸班准备执行一项严肃任务时，博人悄悄溜走，前去面对貉盗贼团及其能夺取身体的首领。
第14话中，鸣人不顾老师的指示正面冲向致命剑士，但这场看似鲁莽的进攻背后，却隐藏着与佐助合谋的计策，让一柄普通的手里剑顷刻变为更危险的杀器。
《木叶新传：汤烟忍法帖》漫画第14话中，未来以新的风遁术打破了龙树对辰巳的控制。这场战斗迫使她直面与敌人相同的疑惑：在和平年代，忍者有何价值。
《木叶新传》第十五话结束了未来的任务，揭示整个旅程是针对邪神教的一次秘密行动。在消化这场骗局的过程中，未来在自己的训练中找到了新的意义，并终于与活在父亲阴影之下的自己和解。
借助漩涡鸣人巧妙的突袭重获自由后，旗木卡卡西扭转了与桃地再不斩的对峙局势。凭借写轮眼复制敌人做出的每一个动作，这位拷贝忍者彻底压制了那名剑士，直到一名戴面具的陌生人出手干预。
第16话中，一名戴着面具的陌生人认领了桃地再不斩的尸体，精疲力竭的旗木卡卡西向学生们解释追杀忍者残酷的职责，却浑然不知那个少年只是伪造了剑士的死亡，想将他悄悄带走。
《火影忍者》第17话中，旗木卡卡西推断出，声称带走桃地再不斩尸体的追杀忍者可能伪造了这名剑士的死亡，因此第七班在波之国开始了新的训练。
旗木卡卡西让第七班进行一项攀爬训练，旨在锻炼他们对查克拉的控制能力，却暴露了小队中出人意料的实力差距。另一边，正在康复的再不斩和他忠诚的同伴正为一场再战做好准备。
第19话通过春野樱的眼睛展现了贫困的波之国，漩涡鸣人和宇智波佐助将爬树练习变成了一场倔强的较量，而达兹纳则讲述了他的家人和国家如何在卡多的统治下失去了所有希望。
《博人传》第19话将第七班派往一处满是自律忍具傀儡的坠毁现场，在那里他们与受伤的木叶丸重逢，并与神秘的退休忍者青相遇。
蓝色旋风篇第20话并行展开了两场殊死战斗：木叶丸赌在了祭的感情上，而佐良娜拒绝背叛朋友。两场斗争都以爱为核心，其中一场以天空中一双新的眼睛睁开而告终。
第20话讲述了伊那里绝望背后的故事。一位被追忆的父亲般的人物、一片遭遇水患的土地，与一场公开处决，共同解释了波之国的希望为何破灭，也解释了鸣人为何拒绝让这份希望永远沉沦。
从艰苦的爬树修炼中恢复体力时，漩涡鸣人遇到一位温和的陌生人，对方分享了真正力量来自何处的教诲。两人都未察觉，那名少年正是此前战斗中戴面具的敌人，这次交流让漩涡鸣人准备好完成修炼。
《博人传》第21话中，木叶小队为能吸收忍术的青设下陷阱，诱使青暴露盲点，让博人用一击决定性的螺旋丸，将青自己关于工具的哲学反击回去。
在本蓝色漩涡篇章中，佐良娜终于使出了她一直不知自己拥有的万花筒写轮眼，在力量耗尽前斩杀了龙。与此同时，计划日益沉重的代价压在操控者心头，博人违抗命令前去营救木叶丸。
第22话在经历了一段艰苦的爬树训练后节奏放缓，转而审视内心：少年伊那里对始终乐观的鸣人大发雷霆，而卡卡西则轻声为他一直鞭策的少年辩护。次日清晨，这份平静被打破，两名熟悉的敌人在桥头静候。
《博人传：火影忍者新时代》第22话结束了与青的漫长决斗，博人智胜这名改造人战士并饶其一命，却未料一位神秘新来者以自己的方式终结了这场战斗。
第23章使波之国序篇迎来转折：卡多的两名暴徒闯入达兹纳家中，企图劫持津奈美；伊那利鼓起了勇气，鸣人及时出现击倒二人，计划遂告破灭。
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